Дизайн-директор студии Radical Entertainment Мэтт Армстронг (Matt Armstrong) подробно рассказал о том, как протагонист Prototype 2 Джэймс Хэллер (James Heller) сможет совершенствовать свои навыки и улучшать оружие. Еще на Game Developers Conference 2011 разработчики сообщили, что в новой игре не будет так называемого Move Store.

Radical Entertainment не просто убрала из серии эдакий «магазин с абилками», она решила в корне изменить всю систему мутаций и способностей героя. Глава студии Кен Росмэн (Ken Rosman) в свое время сравнил Move Store с разбросанными по полу деталями конструктора LEGO – игрокам приходилось выбирать, какую из них использовать в «постройке» своего персонажа. Но в Prototype 2 все будет иначе. Добавлять новые способности в свой арсенал и улучшать старые игроки смогут за счет врагов и подземных логовищ.

После того, как Мэтт Армстронг убил первого босса в первой части Prototype, и у него открылось около двадцати новых способностей, он лично выступил с инициативой изменить систему прокачки персонажа. Собственно, это стало главной причиной, по которой разработчики решили все перекроить. «Мое сердце разбито, – чуть не расплакался гейм-дизайнер. Я не могу поверить, что мы выпустили игру вот с этим. Я даже представить себе не могу, что среди игроков нашелся хотя бы один, кто полностью прочитал описание всех двадцати с лишним способностей, чтобы выбрать всего лишь одну, наиболее подходящую и самую эффективную».