通常時
　・レバー(とか十字キーとかスティック)で8方向に移動
　・ショットボタン(業務用だとAボタン)でショット発射
　・魔法陣ボタン(業務用だとBボタン)で魔法陣の開閉
　・魔法カードボタン(業務用だとCボタン)で魔法カード発動

ショップ時
　・レバーで8方向にカーソルを移動
　・ショットボタンでアイテム購入, おはなし, おさわり, 退出

1-1:ショット
　　ショットボタンで発射. 本人と使い魔からショットが発射される.
　　短く押すと単発撃ち. 押しっぱなしでオート連射.
　　Steam版では, ショットボタンを離した瞬間, オート連射が解除されるようになった.
　　必要な量だけショットが撃てるようになった反面,
　　通常状態の自動回収時にショットが必ず途切れる(火力が低下する)ようになった.
　　後, 押すのがあまりに短すぎると単発ショットすら出なくなった.

1-2:本人ショット
　　魔女本人から発射されるショット.
　　ステッキの先(当り判定の前方)から発射される為, 懐は基本的にお留守. 注意しよう.
　　(一部, 例外有り)
　　Steam版では, デフォルト魔女達は従来作品に比べて(通常時の)火力が控え目の傾向に,
　　DLC魔女達は(通常時の)火力が高めの傾向にある.

1-3:使い魔ショット
　　使い魔から発射されるショット. 魔法陣展開中は発射出来ない.
　　火力なり攻撃範囲なり, 本人ショットを補うような性能を有するものが多い.
　　Steam版では, 従来作品に比べて一発当りの火力が高めの傾向にある.(例外有り)

1-4:自動回収
　　ショットボタンを少しの間離すことで, 画面内のコイン全てが自動回収される.
　　魔法カード発動中はショットボタン押しっぱなしでも自動回収される.
　　しかし, 効果時間が切れてから出現したスターコイン等は押しっぱなしで自動回収されない.

1-5:当り判定
　　ショットボタンを押している間または魔法陣展開中は, 自機の当り判定が表示される.
　　☆の中の青い○のところが当り判定.
　　自機の当り判定と, 敵や敵弾の当り判定が重なると被弾したことになる.
　　そして, 魔法カード発動中以外の時に被弾すると一機ミスになる.

2-1:魔法陣
　　魔法陣ボタンで開閉を行う. 使い魔を中心に展開され, 範囲内の敵弾が非常に遅くなる.
　　また, 敵を撃破すると, 魔法陣内にある, 撃破した敵が撃った敵弾がコインに換金される(錬金).
　　なお, 魔法陣で遅くしたり錬金したり出来ない敵弾も存在する.(鉄球や青い弾, レーザー等が該当)
　　魔法陣展開中は自機移動速度が低下するので注意.
　　トラブル☆ウィッチーズの特徴的なシステムで,
　　魔法陣の使いこなしがクリア・稼ぎ双方で重要となる.
　　なお, Steam版ではショット性能の再調整により,
　　一部魔女だと, 魔法陣を展開したままでは火力不足で押し負け易くなっている.

2-2:MP
　　魔法陣の展開・維持に必要. 魔法陣を閉じている間, 自動回復する.
　　また, ショップに入ると全回復出来る.
　　初期上限値120. MP増幅剤を購入することで上限値を増やすことが出来る.
　　ただし, DLC魔女のコットンは初期上限値240. もっとも, 展開コスト・維持コストが高いので,
　　初期上限値240の割には, 魔法陣は長持ちしない. (それでも, 他の魔女達より, かなり長持ちする)

2-3:展開コスト
　　魔法陣を展開する時に消費するMP. MPの現在値が展開コスト未満だと魔法陣を展開出来ない.

2-4:維持コスト
　　魔法陣を展開中(維持している間)に消費するMP.
　　1MP/○フレーム (○フレーム毎に1消費)で設定されている.
　　展開コストが高い魔女(⇔低い魔女)ほど, 維持コストが低い(⇔高い)傾向にある.(例外有り)

2-5:回復速度
　　魔法陣を閉じている間のMP回復速度.
　　移動中と静止中で回復速度が違う(静止中の方が回復速度が速い). ショットの有無は関係ない.
　　MPが不足気味の場合は, 静止時間を長く設けてやると良いかもしれない.
　　なお, 移動中と静止中の回復速度が極端に異なる魔女も存在し,
　　その魔女を使用する際は意識して静止時間を設けてやることが, かなり重要となる.
　　展開コストが高い魔女(⇔低い魔女)ほど, 回復速度が遅い(⇔速い)傾向にある.(例外有り)

2-6:青いゲージ
　　魔法陣展開中に本人周辺に表示されるゲージ. MPの残量を割合で表示している.

2-7:錬金
　　敵弾がコインに変わること. 通常は魔法陣を使う必要がある.
　　なお, 敵弾を魔法陣内に入れる→敵を撃破する場合はもちろん,
　　敵を撃破する→残った敵弾を魔法陣内に入れる場合でも, 魔法陣による錬金は成立する.
　　また, ボスの形態変化(あるいは撃破)が行われた場合, その瞬間の全ての敵弾が錬金される.
　　(一連の弾幕の内, 形態変化直後に発射されたものは画面に残ったままとなる)
　　大量の敵弾を錬金すると, 気持ち良過ぎて「ちにゃー」となるらしい.

2-8:反撃(黄色弾)
　　敵に逃げられた状態で, 魔法陣内の敵弾が(魔法陣を閉じる等して)魔法陣外に出ると,
　　黄色くなってこちらに向かってくる.(一部, 例外有り)
　　もう一度, 魔法陣内に入ると小銅貨に錬金される.
　　もっとも, ただの自機狙いなので, MPを温存したい場合は避けた方が良い.

2-9:コイン
　　敵を撃破したり, 敵弾を錬金したりすると出現する. 取得するとスコアと所持金が増える.
　　小・中・大の3種類の大きさと, 銅・銀・金の3種類の色が存在し, その組み合わせで価値が決定.
　　錬金時に最も多く出現する小金貨は一個取得する毎に300点&30Gが加算される.
　　そのスコア価値は所持金ボーナスに左右される.
　　場合によっては大スターコインよりも価値が高いこともある.
　　例えば, Steam版スコアアタックモードでは, 所持金ボーナスが×100点なので,
　　小金貨のスコア価値は300点+(30G×100点)=3,300点.
　　この場合, 大スターコインの実に1.65倍ものスコア価値がある.
　　なお, ねぉ!スコアアタックモードでは, 所持金ボーナスが×20点だったので,
　　小金貨のスコア価値は300点+(30G×20点)=900点.
　　この場合, 大スターコインのわずか0.45倍のスコア価値しかない.

3-1:魔法カード
　　魔法カードボタンで発動. 一定時間, 本人ショットが発動したカードに対応したものに変化し,
　　撃破した敵から発射された敵弾が, 魔法陣使用の有無にかかわらず全てスターコインに変化する.
　　その為, 魔法陣を閉じてMPを回復しつつ敵弾を消すことが可能.
　　もちろん, 魔法陣を展開して敵弾を大量に溜め込み, 一気にスターコイン化することも可能.
　　また, 効果時間中に被弾した場合は, カード効果が即終了する代わりにミスにならずに済む.
　　もっとも, 連続被弾することもあるので安心は出来ない.
　　後, 細かい事だが効果時間中はショット撃ち込みで鉄球を破壊出来るようになる.
　　(大抵, 敵本体を撃破してスターコイン化した方が早いけど)
　　魔法カードはショップで購入可能で, (発動中のものを含めて)3枚まで所持可能.
　　魔法カードは購入した順に発動するので, 購入順も良く吟味する必要がある.

3-2:赤いゲージ
　　魔法カード発動中に本人周辺に表示されるゲージ. 魔法カードの残り時間を表示している.

3-3:カード発動(カードエンゲージ)
　　魔法カード発動には, わずかにMPが必要. 残MP0とかだと発動できないので注意.
　　(同人版マニュアルには数%必要と記載されているが, AC以降は記載されていない)
　　発動時には, 弾消し効果と攻撃力のある波紋が発生する.(有効範囲は魔法陣の範囲と同じくらい)
　　この波紋で敵を撃破した場合は, 基本的に敵弾はスターコイン化されない.
　　魔法陣で錬金する必要があるので注意.
　　なお, 波紋の攻撃力は結構高く, 赤点滅中の中型機くらいならば吹き飛ばすことが出来る.

3-4:カード被弾(カードブレイク)
　　魔法カード発動中に被弾すると, ミスを防ぐ代わりに,
　　カード発動時と同様の波紋が発生し, カードの効果が即終了する.
　　注意すべき点は, MPを現在値の50%消費すること.(これも同人版マニュアルには記載されている)
　　被弾したからといって慌てて魔法陣を展開してしまうと,
　　MP不足で弾幕に押し潰される危険性が高い.

3-5:カード持ち越し
　　魔法カードの効果時間が残っている状態でボスを撃破しステージクリアすると,
　　次ステージでその魔法カードをもう一度使うことが出来る.
　　一枚で二度おいしいので, 積極的に狙っていきたいところ.

3-6:スターコイン
　　魔法カード発動中に敵を撃破すると出現する.
　　(効果時間終了直後に, 残っていた魔法カードのショットで撃破しても有効)
　　取得するとスコアとスターコインカウンター値が増える.
　　小・中・大の3種類の大きさが存在する.
　　敵弾のスターコイン化で出現する
　　小スターコインは一個取得する毎に500点&カウンター値1が加算される.
　　そして, スターコインカウンター値が上限の時に出現する
　　大スターコインは一個取得する毎に2,000点&カウンター値3が加算される.
　　なお, 大スターコイン化の条件は, あくまでカウンター値が上限の時.
　　例えば, 通常モード・カウンター値2400で画面内に100個の小スターコインが存在する時,
　　小スターコインを全て回収する前に敵弾をスターコイン化した場合,
　　その敵弾は小スターコインになってしまう. 注意しよう.

3-7:スターコインカウンター
　　スターコインの取得数. ステージクリアボーナスに影響する.
　　ミスする毎に現在値の25%が減少する.
　　AC以降では, 敵の撃破点にカウンター値に応じた倍率が常に掛かるようになっており,
　　その倍率は, [1+(カウンター値/100)]倍である.
　　(最高倍率は, 通常モード:26倍, スコアアタック・ワルプルギスモード:51倍)
　　また, AC以降, 上限が2500(スコアアタック・ワルプルギスモードは5000)に設定されていて,
　　カウンター値が上限の時は, 出現するスターコインが全て大スターコインになる.
　　スコアを稼ぐ場合は, なるべく早い段階でカウンター値を上限まで増やし,
　　ノーミスで進行することが重要になる.

4-1:ショップ
　　各面の特定地点で右側から出現し, 入ると魔法カードやその他お役立ちアイテムが購入できる.
　　品揃えは店毎・難易度毎に決まっている.
　　画面下寄りに出現することもあれば中央寄りに出現することもあり,
　　出現位置によっては入店前後で苦労することもある.
　　また, ショップから出た直後は短時間の無敵時間が発生する上,
　　ショップに入ることでMPを全回復出来る.
　　魔法陣を展開したまま入れば展開コストを節約出来る為,
　　(魔法陣を展開し)使い魔を外へ放り出したまま買い物をする魔女さんが続出との噂……
　　なお, 通常はプッチーニが店番をしているが, ごく稀にペルゥが店番をしていることがある.
　　運良くペルゥが店番をしていた場合, 魔法カードの価格が通常の半額になる.
　　(MP増幅剤, ハートの器は通常価格のままである)

4-2:お金(所持金)
　　買い物に必要なお金は, 敵を撃破したり敵弾を魔法陣で錬金したりすることで入手できる.
　　また, ステージクリアボーナスとして面に応じた金額が支給される.
　　(時間切れでボスを逃した場合はノーボーナス)
　　ステージクリアボーナスには, お金の支給だけではなく,
　　所持金に応じたスコアボーナスも存在する為, スコアを稼ぐ上でも, お金は重要な存在である.

4-3:値上がり
　　魔法カードや各種アイテムの価格は買えば買う程, どんどん上昇していく.
　　その値上がり具合は基本的に倍々である為,
　　同じ商品ばかり買っていると, たちまち資金難に陥ってしまう.
　　色々な魔法カードを万遍なく買うことで少しでも値上がりを抑えていこう.

4-4:おはなし
　　Steam版ではカーソルを会話ウインドウに合わせてからボタンを押すことで,
　　店員から情報を聞くことが出来る.
　　魔法陣で氷を防げるといった攻略の役に立つものから,
　　ペル姉さんはトイレに行っているといった役に立たないもの,
　　薬を水で薄めているといった商売の裏話まで聞くことが出来る.
　　何回聞いてもペナルティはないので, 駆け出し魔女さんは時間いっぱいまで聞き倒しておこう.

4-5:おさわり
　　ショップでは店員におさわりすることも出来る.
　　おさわり出来る部位は, 頭・耳・胸・腹の4カ所で, 部位に応じて好感度が増減する.
　　Steam版では, おさわりにより解除される実績がいくつか存在する.

4-6:好感度
　　頭・耳をおさわりすると増加し, 胸・腹をおさわりすると減少する.
　　(上記はプッチーニの場合. ペルゥの場合だと……)
　　ただし, 同じ部位を4連続以上おさわりすると, 部位に関係なく減少する.
　　4連続以上でなければ良いので, 頭3連続→耳3連続→頭……と続けることで,
　　好感度を増加させ続けることが出来る.
　　なお, 同人版では可視化されていた.

4-7:追い出される
　　好感度を下げる行為をしすぎるとペルゥに強制的に追い出されてしまう.
　　追い出された場合, 1つ先のショップが出現しなくなるという強烈なペナルティがある.
　　6面ボス前のショップ(最後のショップ)ならばペナルティも関係ない為,
　　最後だけ遠慮なくおさわりする魔女さんもいるような気がする.
　　Steam版 及び ねぉ!では追い出されることで解除される実績が一つずつ存在する.

5-1:HPハート
　　残機のこと. 0の時にミスするとゲームオーバーになる.
　　ステージクリア毎に残数に応じたボーナス点が入る.

5-2:エクステンド
　　スコアが規定値に達した場合と, ショップでエクステンドアイテムを購入した場合に発生する.
　　スコアエクステンドは最高3回. 540万点・1800万点・4500万点で発生する.
　　なお, Steam版を除くACのゲロゲロ気分では, 1800万点・4200万点・8400万点で発生する.
　　難所で魔法カードを使っていけば2回目までは自然に達成できるが,
　　3回目は序盤から意識してスコアを稼がないと達成出来ない(特にACモード).
　　アイテムでのエクステンドを加えると, クリアまでに3～4回はエクステンド出来るはずである.

6-1:ティータイム!
　　DLC魔女のコットンでボスを撃破すると発生するボーナスゲーム.
　　ドラウプニール撃破後も普通に発生する.
　　時間切れでボスを逃がした場合は発生しないが, 少し面白いリザルト画面が見られるかも.
　　原作同様, 一定時間, 湯のみが降ってくる.
　　今作では, 白い湯のみ:1万点. (あまり赤くない)赤い湯のみ:5万点.
　　湯のみ全回避によるシークレットボーナスも健在(100万点).
　　赤い湯のみ(だけ)を連続取得しても, 赤い湯のみの得点は5万点のまま.
　　シークレットボーナス狙いよりも積極的に5万点湯のみを取得した方が多分, スコアが高くなる.
　　しかし, シークレットボーナスには, 成功時の達成感がある.
　　なお, ティータイム!の間も魔法カードの持続時間は減少していく.
　　つまり, コットン使用時は, ボス撃破による魔法カード持ち越しが出来ないということである.