Для начала экспортируйте все ваши аудиофайлы в WAV формат. Если нет специального софта, то воспользуйтесь различными сайтами по рекодированию звука.

Звук нужно закинуть по такому пути: SteamLibrary\steamapps\common\Super Hexagon\data\sounds
Там находятся различные аудиофайлы типа begin, awesome, всеми любимый again и т.д.
Каждое из названий означает, когда будет воспроизведена звуковая дорожка.
Ваша задача - сменить названия ваших звуков на те, что находятся в папке.
Как только вы изменили названия для всех необходимых треков, удалите аналогичные в папке sounds и скопируйте туда свои.
Вуаля! Теперь в игре будут ваши звуки!