Sons of the Forest hikâyesi, 2011’de ilk oyunun (The Forest) olayları sona erdikten yaklaşık 16 yıl sonra başlar. Bu süre zarfında milyarder Edward Puffton, efsanevi Altın Küp’ü aramak için Puffton
Corporation adıyla bir şirket kurar . Puffton, gizemli bir ada üzerinde Hollowsprings adlı yeraltı
tatil kentini inşa ettirir. Burada nadir bulunan bir metal cevheri olan Solafit keşfedilir ve Puffton, altın
kadar değerli bu madeni çıkarmaya başlar. Adada yapılan arkeolojik çalışmalarda eski uygarlıklara
ait yazıtlar, tabletler ve İkinci Dünya Savaşı kalıntılarına rastlanır.
Puffton ailesinin yetişkin kızı Virginia’nın çocukluğunda gizemli bir mutasyona uğradığı anlaşılır. Virginia, üç kollu ve üç bacaklı olarak hayata tutunmuş, ancak zihni hâlâ sağlam kalmıştır . Babası Edward, bu boyutsal olaylar sırasında Virginia’nın fazladan enerjinin bir kısmını üzerinden atmasına izin vermiştir. Onu yeraltı binalarından birinde özenle koruma altına alır ve tüm servetini Virginia’ya bırakacak şekilde vasiyetini düzenler.
Bu sırada Puffton, adadaki Uluslarası Tatil Tesisi için büyük bir açılış gecesi hazırlar. Ancak, açılış
gecesinden yaklaşık 31 hafta önce Hollowsprings’in lüks yemek salonunda toplanan herkes korkunç bir enerji patlamasıyla sarsılır. Adanın derinliklerindeki antik küpün aktivasyonu, salondakilerin aniden nöbet geçirmesine ve kâbus gibi bir ışık gösterisiyle kaosu getirmesine yol açar . Bu patlamanın etkisiyle salondakilerin fiziksel özellikleri tamamen değişir; çoğu, aynalarındaki ikiz versiyonlarını adeta yutmuş gibi mutantsa dönüşür. Toplantıdakilerden Hank Keys “Ronnie” adında bir mutant hâline gelirken, Gordon Lankston çifti ikiye bölünür . Edward Puffton ise kör bir mutant figürüne dönüşür ve böylece hem kendisi hem de şirketi dış dünyayla irtibatı 31 hafta boyunca tamamen kaybeder. Artan endişeler üzerine PuffCorp, adaya kurtarma amaçlı iki ekip (A ve B Takımları) gönderir. Kahramanımız Jack Holt, bu A Takımı’na mensup bir operatördür. Jack, Edward Puffton’ın kişisel arkadaşı ve ünlü bir gazetecidir.
Buna ilaveten, adaya ulaşmadan önce dikkat çekici bir gelişme daha yaşanır: “Sons of the Stars”
(Yıldızların Evlatları) adında bir tarikat adaya gelir. Ancak kısa süre sonra tarikat üyelerinin beyaz giysiler içinde toplu intihar ettiği ortaya çıkar. Bulunan bir kameradan tarikatçıların kendilerini bıçakladıkları toplu intihar görüntüleri elde edilir . Tüm bu olaylar, adayı insan aklının sınırlarını zorlayan bir bilinmeze dönüştürür.

2032 yılında Jack Holt, Kelvin ve “Fisheye” kod adlı iki askerî operatör, PuffCorp pilotunun kullandığı bir helikopterle adaya doğru yola çıkar . Jack, Puffton hakkında haberler yapan tecrübeli bir
gazetecidir . Yolculuk sırasında helikopterde, ekranında Edward ile eşi Barbara ve kızları Virginia’ya
ait bilgilerin görüntülendiği bir bilgisayar bulunur. Tam bu sırada helikopter ansızın ateş altına alınır:
Pencereler delik deşik olur ve araç kontrolünü kaybeder . Fisheye ile pilot ağır yaralanır; Jack ve
Kelvin yere savrulur. Jack derin bir baygınlık geçirirken, Kelvin uçuş sırasında aldığı darbeler nedeniyle tamamen sağır ve konuşamaz hâle gelir. Birkaç dakika sonra bilincini geri kazanan Jack, kendini ıssız bir orman içinde bulur. Gözlerini açtığında karşısında duran adamı fark eder: Puffton’un eski çalışanı Jianyu Zhang, Jack’i tek vuruşta bayırtmıştır. Jack, bilinci yerine geldiğinde kelimelerle değil, cesur bir bakışla bir şeyler anlatmaya çalışır. Kelvin’in de aralarında olduğu ikili, hayatta kalma mücadelesine hemen girişir. Jack, kazadan sağ kurtulan bu ekiple birlikte bir kamp kurar ve haritalarındaki işaretlere göre adadaki aramalara başlar. Onların ilk amacı, operatör arkadaşlarının ve Edward Puffton’ın izlerine ulaşmaktır. Jack ve Kelvin, kamp kurup temel ihtiyaçları giderdikten sonra adanın vahşi doğasında keşfe çıkar. Etrafta PuffCorp işçilerinin ve askerî personelin ölü cesetleri bulunur. Bu cesetlerin yakınındaki sandıklardan paha biçilmez silahlar ve malzemeler çıkarılır; Jack bunları toplayarak el yapımı barınaklarını güçlendirir . Adayı gezerken ara sıra karşılarına vahşileşmiş kanibal kabileleri çıkar; bunlarla mücadele eden Jack, aynı zamanda çeşitli mutant yaratıklarla da yüzleşir. Kuzeyde karla kaplı dağlar, güneydese yoğun yağmur ormanları vardır. Zorlu hava şartları ve tehlikeli yabaniler arasında Jack, Kelvin’le omuz omuza hayatta kalır.
Araştırmalar sırasında Jack bir helikopter enkazında dalış tüpü ve zırh benzeri aletler bulur. Dalış tüpü sayesinde su altı mağaralarına girip batık bir kazı alanından kaynak bulma imkânı elde eder. Yine aynı dönemde, adanın farklı bölgelerinde birkaç anahtar kart keşfeder. Örneğin, bir mağaranın
derinliklerindeki kazı alanına kürekle ulaştığında bir Bakım A sığınağının kapısını açan Bakım Anahtar Kartı’na erişir . Başka bir yeraltı salonundaki laboratuvarda ise VIP Anahtar Kartı ele geçer . Bu kartlar, kapalı bölümlere erişmesini sağlayarak Jack’in keşif imkanlarını genişletir.

Jack’in en beklenmedik müttefiklerinden biri, Edward Puffton’ın kızı Virginia Puffton’dır. Onu ilk kez
ağaçlık bir alanda, Jack silahını indirdiğinde görür. Virginia’nın duruşu ürkektir; üç kollu vücudu silahlara alışıktır fakat Jack’in dostça yaklaşması üzerine yavaşça sakinleşir. Yavaş yavaş Jack, Virginia’nın korkularını dindirir; zamanla Virginia Jack’e güvenmeye başlar. Virginia’nın insani tarafı güçlüdür: İlk oyundaki mutantlara göre çok farklı davranır . Jack ona sakinlik verir, Virginia da karşılığında Jack’in yanına siper olur. İkili arasında güven dolu bir bağ kurulurken, Virginia da Jack ve Kelvin’in yanında onlara yardım etmeye başlar. Kelvin ise Jack’in sessiz sağ kolu haline gelir. Sağır olan Kelvin, Jack’in yazdığı notları kusursuzca okur ve talimatlara göre hareket eder. Jack kamp kurarken yardım eder, kaynağı paylaşır, gizli kapıları açtırır, gerektiğinde ok atarak düşmanları oyalamaya çalışır. Kelvin’in soğukkanlılığı, Jack’in liderliğiyle birleşince ikili arasında güçlü bir ortaklık doğar. İlerleyen dakikalarda bu ekibin uyumu, hayatta kalmanın ve adayı çözmenin en büyük anahtarı olur. Adanın derinlerine indikçe Jack, birbiriyle bağlantılı karmaşık yeraltı sığınağı ağları keşfeder. Bu bunkerlar, Puffton ailesinin konforuna uygun şekilde döşenmiştir: gece kulüpleri, spor salonları, sinema odaları ve lüks yemekhaneler bulunur. Her bir bölüm, farklı bir tema üzerine kurulmuştur. Jack’in anahtar kartlar ve mühimmat buldukça erişim sağladığı her bunkerde yeni sırlar açığa çıkar. Bir odada altın rengi zırh donanımı bulur ve Altın Zırh (Golden Armor) olarak adlandırılan bu öğeyi kuşanarak kapalı altın kapıları açar .

Yemek Bunkeri adlı tünelde Jack, bir ekrandan Puffton misafirlerinin yemek salonunda oldukları anın kaydını izler. Bu kayıt, davetlilerin bir yemek sırasında tamamen mutanta dönüştüklerini gösterir. Edward ve Barbara Puffton’un da bu patlamada canavara döndüğü anlaşılır. Şoka uğrayan Jack, hemen ilerideki geniş salona geçer. Karşısında mutantsa dönüşmüş Edward ve Barbara vardır. Zorlu bir mücadelede Jack her iki mutantı da alt eder . Böylece Puffton ailesinin kötürüm olmuş piyesiyle nihayet yüzleşmiş olur. Bir başka salonda Jack, ünlü LeBlanc ailesiyle yüzleşir. Eğlence Bunkeri’nde Timmy LeBlanc (Artık devasa mutant bir kola sahip) Jack’i uyarır ve hızla kaçar. Kısa süre sonra Residans Bunkeri’nde Timmy yeniden ortaya çıkar; bu kez babası Eric LeBlanc ile yerde bir Sluggy (uzun bacaklı yaratık) savaşmaktadır . Tam o anda Jianyu Zhang ve korumaları gelir. Eric, Timmy’yi korurken Jianyu tarafından vurulur; aynı anda Sluggy, Jack’i göğsüne attığı yumrukla sersemletir. Jack baygınlık geçirir ama uyandığında büyük bir değişim fark eder: Xin. Yanında bulunan altın kapı parçasıyla Jack, son aşamaya geçmek üzere hazırlık yapar.

Jack, Lüks Bunker’da altın zırhını kuşandıktan sonra büyük kapıyı açar ve kendini cehennem gibi bir
mağarada bulur. Bu dar tünelde karşısına çıkan iblisler ve dev bir iblisle (Giant Demon) mücadele eder. Sıcaktan ve alevlerden geçen uzun bir yolculuğun sonunda, ortada parıldayan bir anıt silueti görür. Tam ortadaki küp, Solafit metalinden yapılmış Kutsal Küp’tür. Jack, Kelvin ve Virginia birlikte küpün içine adım atar. Küp’ün içi bir anda bambaşka bir boyuta dönüşür. Dört duvardaki panellerde, uzak bir gelecekte insan uygarlığının şehri belirir: Gökyüzünde uçan araçlar, altın renkli dev küreler ve devasa gökdelenler görülür. Virginia, bu manzaraya uzun süre hayran hayran bakar, sonra titreyerek bayılır . İçeride kalan Jianyu Zhang küpün kapanıp açılması sırasında dev bir mutant formuna dönüşür. Jack, baygın Virginia’yı sırtına alıp hızla dışarı çıkarak yüzeye döner.

Jack, Kelvin ve Virginia üçüncü helikoptere bindiğinde Jack arkaya dönüp etrafa bakar . Bir diğer
helikopterin enkaz haline getirildiğini ve etrafa mutant sürüsünün çöktüğünü görür. Ancak kutlama
vakti gelmiştir: Jack’in elinde topladığı Solafit kristalleri hafifçe titreşir, sanki “Devam et ve sırları çöz!” der gibidir. Jack’in önünde artık iki yol vardır:

Kahramanca Kaçış (Resmî Son): Jack, Timmy ve Eric ile birlikte helikoptere atlar ve ada yolculuğu sona erer. Sonraki sahnede Timmy bir hastanede, elinde bir Solafit parçasıyla doktoruna hayat kurtaracak bir ilacın ipuçlarını sunar . Jack, Kelvin’i iyileşme odasında ziyaret eder; Kelvin sağır olsa da kulağını neşeyle titreten müzikle eski canlılığına kavuşmaktadır . Beş ay sonra, zayıflamış bedeniyle Virginia kucak dolusu sevgiyle Jack’in yanına gelir; Jack’in galip gelen dostluğu ve bağlılığının simgesi olarak bu hikâye epik bir masal gibi sona erer.

Adada Kalma (Alternatif Son): Jack mücadele etmeye karar verir ve adada kalır. Bu kararla birlikte yeni bir mağara açılır ve bulmacalar çözülerek Kutsal Eser tamamlanır . Ancak bu senaryoda adada solafit zırhıyla donanmış yeni yaratıklar belirir, Perili Virginia gibi tuhaf varlıklar ortaya çıkar. Jack, bir kahraman gibi adanın bekçisi olarak kalmaya devam eder, ancak sırlar asla tamamen çözülmez.
Her iki durumda da Sons of the Forest macerası kapanır. Epik kapanış metninde Timmy’nin hastalıklar için yeni tedaviler geliştirdiği şirketinin yükselişinden ve bulduğu adayı nasıl satın alıp sonra gizemli bir şekilde kaybettiğinden söz edilir . Jack ise tüm bu yaşadıklarını bir kitapta toplayarak dünyaya duyurur. Kelvin, iyileşen bilinciyle Jack’in yanında gülümser; Virginia ise zamanla eski hâline dönerek Jack’in en yakın dostu ve sevgilisi olur. Bütün bu olaylar, Yıldızlar arasındaki bir sınırı aşan insan ruhunu ve bağlılığını simgeleyen epik bir masal olarak sona erer.