嵐の書庫のボスマップ入口で稼ぐため、少なくとも嵐の書庫のボスに挑める状態まで進んでいる必要があります。
一度ボスを倒してしまった場合は戻って来る必要がありますが、上昇気流でショートカットできるようになっている他、ボスイベントがあった地点に脱出用ポータルが設置されるので、稼ぎ効率を含めれば許容範囲かと思います。

要約すると、嵐の書庫のダンジョンマップ終端にいる敵を、直後のボスマップに出入りすることでリスポーンさせ狩り続けるという方法になります。
移動ルート(赤矢印)および倒すべき敵の配置(青X)を以下の図に示します。
(ダンジョンマップ側)
(ボスマップ側、上図の終端と接続)

手順(ループ説明の簡略化のためボスマップ側を始点としています)
1.ボスマップからダンジョンマップへ戻り、空中下降攻撃を使って上昇気流に逆らい下の足場へ移動
2.右側の壁を掴みながら敵の右側の足場へ着地
3.壁際は敵の反応範囲外かつ敵は被弾しても棒立ちのままなので、斧投げ3回により右側の敵を一方的に撃破可能(下図参照)
→このとき、壁に密着していると斧が背中の壁に当たって飛ばないことがあるので、気付かれない程度に近づくと良い
4.中央足場の右寄りから斧投げすることで左側の敵も完封可能
5.再び上昇気流に乗りボスマップへ入るとマップ遷移により敵がリスポーンするので、1.から繰り返すことで1分あたり720個のクリスタルが入手可能