Так как в этом издании нельзя установить лишь одну/две необходимые вам части игры, и нельзя удалить нормальным способом какую-либо ненужную вам часть, то придётся делать всё вручную.

Заходим по пути Steam\steamapps\common\Mass Effect Legendary Edition\Game
(путь по умлочанию: C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\Mass Effect Legendary Edition\Game)

Видим там четыре папки, нас интересуют три из них, а именно:
ME1
ME2
ME3

Соответственно это папки с самими играми, пронумерованы как они есть, то есть хотите удалить первую часть, удаляете первую папку и т.д. на запуск лаунчера и в целом на игру никак не влияет, никаких ошибок не вызывает, при попытке запустить удалённое - ничего не будет происходить.

Если есть необходимость восстановить удалённое, находим в стиме игру
Правой кнопкой мыши>Свойства>Установленные Файлы>Проверить целостность файлов игры
После чего стим сам докачает удалённые файлы/части этого издания