Metal Gear Solid 3: Snake Eater’ın hikâyesi, 1960’lı yıllarda Soğuk Savaş’ın en hararetli dönemlerinden biri olan Küba Füze Krizi ile başlar. ABD, Türkiye ve İtalya gibi müttefiklerine Jupiter adlı balistik füzeler yerleştirerek Moskova’yı vurabilecek bir pozisyona gelir. Bu durum, Sovyetler Birliği'ni tedirgin eder ve müttefiki olan Küba’ya ABD’yi doğrudan vurabileceği mesafeden nükleer başlıklar yerleştirmesiyle karşılık verir.


1962 yılında iki süper güç arasında patlak veren bu kriz, dünyayı nükleer bir savaşa sürükleyebilecek kadar ciddileşir. ABD Başkanı John F. Kennedy ve Sovyetler Birliği lideri Nikita Khrushchev, bu süreçte birbirlerine meydan okur ve dünyayı nefesini tutmaya zorlayan bir dizi diplomatik hamle yapar. 13 gün süren bu kriz, küresel güvenlik açısından en tehlikeli anlardan biri olur. Her iki tarafın da füzelerini çekme konusunda gizli bir anlaşmaya varması, dünyayı olası bir nükleer felaketten kurtarır. Bu anlaşmanın gizli hükümlerinden biri de Sovyetler’in, ABD’nin kaçırdığı ünlü Rus bilim insanı Nikolai Stepanovich Sokolov’un iadesini istemesidir.

Sokolov, Sovyetler Birliği’nin en büyük silah geliştiricilerinden biri olup, üzerinde çalıştığı nükleer başlıklı süper tank Shagohod projesi ile savaşın kaderini değiştirebilecek bir potansiyele sahiptir. İki yıl önce ailesiyle birlikte Berlin Duvarı’nı aşarak ABD’ye kaçan Sokolov, CIA tarafından kurtarılmıştır. Ancak Küba Füze Krizi sonrası Sovyetler Birliği, Sokolov’un iadesini şart koşar ve CIA de bu talebi kabul etmek zorunda kalır. Sokolov, Sovyetler’e geri döner dönmez, OKB-754 adlı gizli bir araştırma tesisinde Shagohod projesini tamamlaması için zorla çalıştırılır.

1964 yılına gelindiğinde, Sokolov’un çalıştığı Shagohod projesi, ABD hükümeti tarafından büyük bir tehdit olarak görülmeye başlanır. Shagohod, bir nükleer füzeyi neredeyse kıtalararası menzile sahip bir hızla fırlatabilecek bir tanktır ve bu, Soğuk Savaş’taki dengeleri tamamen değiştirebilir. Bu silahın tamamlanmasının, Sovyetler’e büyük bir stratejik avantaj sağlayacağı ve ABD’yi nükleer bir saldırı tehdidi altında bırakacağı açıktır. Bu yüzden CIA, Sokolov’u kurtarmak ve Shagohod’un tamamlanmasını engellemek için yeni bir operasyon başlatır: Virtuous Mission.

Görevin başında, CIA’in gizli operasyon birimi olan FOX bulunur. Bu birim, son derece yetenekli ajanlardan oluşur ve lideri, İngiliz kökenli bir eski SAS üyesi olan Major Zero’dur. Major Zero, operasyonu yönetme görevini üstlenir ve Naked Snake kod adlı genç bir ajan olan John’u (daha sonra Big Boss olarak bilinecek kişi) Sovyet topraklarına gönderir. Virtuous Mission, Snake için bir dönüm noktasıdır; zira bu görevde eski mentoru ve ona yakın dövüş tekniklerini(CQC) öğreten kişi olan The Boss da yer alacaktır.

Virtuous Mission, Snake’in HALO (Yüksek İrtifa-Düşük Açılma) tekniğiyle Sovyetler Birliği’nin iç bölgelerine sızmasıyla başlar. Bu, dünyanın ilk HALO atlayışıdır ve Snake, Tselinoyarsk ormanlarına tehlikeli bir iniş yapar. İnişten sonra Snake’in tek amacı, Sokolov’un tutulduğu araştırma tesisine ulaşmak ve onu kurtarmaktır. Görevin bu aşamasında Snake, Major Zero, FOX biriminin medikal uzmanı Para-Medic, ve eski mentoru The Boss ile sürekli radyo bağlantısı halinde olacaktır.

Snake, orman boyunca Sovyet askerlerini aşarak nihayet Sokolov’un bulunduğu Rassvet adlı küçük bir tesise ulaşır. Burada, Sokolov’un üzerinde çalıştığı Shagohod projesine dair belgeleri yaktığını görür. Sokolov, Snake’e bu silahın tam anlamıyla Soğuk Savaş’ı sona erdirebilecek kadar güçlü olduğunu ve Volgin adlı acımasız bir GRU Albayı’nın Shagohod’u kullanarak Sovyet lideri Khrushchev’i devirmeyi planladığını anlatır. Volgin, aşırı milliyetçi bir faşisttir ve kendi çıkarları doğrultusunda nükleer savaşın fitilini ateşlemeye kararlıdır.

Bu noktada, Snake ve Sokolov’un kaçış planı GRU birlikleri tarafından sekteye uğrar. Ocelot adında genç bir GRU subayı, KGB ajanlarını öldürerek ortaya çıkar ve Snake ile ilk kez karşı karşıya gelir. Ocelot, Snake’i The Boss sanarak yanılır ve kısa süre sonra hatasını fark eder. Snake ile girdiği düelloda, silahının tutukluk yapmasıyla Snake tarafından yenilir ve geri çekilmek zorunda kalır.


Kaçış sırasında Sokolov, Snake’e Shagohod’un Groznyj Grad adlı askeri bir kalede test edildiğini ve bu silahın tamamlanmasının bir dünya savaşını başlatabileceğini söyler. Bu sırada ikili, bir asma köprüde The Boss ile karşılaşır. The Boss, o zamana kadar Snake’in akıl hocası, savaş ve strateji öğreten rehberi olmuştur. Ancak şimdi The Boss, aniden Sovyetler Birliği tarafına geçtiğini ve Volgin’in ekibine katıldığını açıklayarak ülkesine ihanet eder. Cobra Birliği adı verilen özel kuvvetler birliği, Sokolov’u The Boss adına ele geçirir ve onu Volgin’e teslim eder.

The Boss’un ihaneti, Snake için büyük bir şoktur. Onun Sovyetlere katılması, yalnızca Sokolov’u değil, Shagohod projesiyle birlikte tüm dünya güvenliğini tehlikeye atan bir hamledir. The Boss, Snake’e Volgin’e katılmasını teklif eder, ancak Snake bunu reddeder. Bunun üzerine, The Boss Snake’i ağır şekilde yaralayarak onu asma köprüden aşağı atar. Düşüşten sağ kurtulan Snake, yaralarını sarmaya çalışırken Shagohod’un helikopterlerle taşındığını görür. Ancak asıl darbe, Volgin’in The Boss’un ona hediye ettiği ABD yapımı Davy Crockett nükleer başlığını kullanarak, Sokolov’un bulunduğu araştırma tesisini yok etmesi olur.

Sovyetler Birliği topraklarında patlayan ABD yapımı bir nükleer silah, uluslararası bir kriz yaratır. Sovyetler Birliği, ABD’yi bu saldırıdan sorumlu tutar ve dünya bir kez daha nükleer savaşın eşiğine gelir. Virtuous Mission, The Boss’un ihaneti ve Volgin’in nükleer saldırısı nedeniyle büyük bir başarısızlığa uğrar. CIA, bu felaketi engelleyemediği için zor durumda kalır; Major Zero ev hapsine alınır ve Snake, The Boss ile olan geçmişi nedeniyle şüpheli duruma düşer.

Virtuous Mission’ın başarısızlığı sonrası, ABD Başkanı bir telefon alır: Sovyetler’in Başbakanı Khrushchev, ABD’nin Sovyet topraklarındaki bir silah tasarım bürosunun nükleer bir patlama ile yok edildiğini bildirir. Patlamadan kısa bir süre sonra, Sovyet hava sahasını terk eden bir Amerikan uçağının tespit edildiğini ekler. Khrushchev, ABD’nin bu olayla ilgisi olup olmadığını sorgular. Başkan Johnson, ABD’nin patlamada rolü olmadığını açıklar ve bir hafta önce bir Amerikan askerinin Sovyetler’e geçtiğini söyler. Bu askerin The Boss olduğunu ve Sovyetler tarafından Voyevoda olarak tanındığını belirtir.

Khrushchev şoke olur ve bu kişinin gerçekten o olup olmadığını sorar. Johnson, The Boss’un iki küçük nükleer top mermisini yanına alarak Sovyetler’e geçtiğini ve bunlardan birini tasarım bürosunu yok etmek için kullandığını doğrular.

Khrushchev, açıklamayı kabul eder gibi görünse de, ABD’den bu iddiaları kanıtlamak için The Boss’u öldürmelerini talep eder. ABD’nin suçsuzluğunu kanıtlamak için bir haftası vardır; aksi takdirde Khrushchev, zayıflayan iktidarı nedeniyle Sovyet ordusunun intikam almasını engelleyemeyecektir.

Johnson, bu talepleri yerine getirmek zorundadır, aksi takdirde iki ülke arasındaki gerginlik nükleer savaşa dönüşecektir.

İşte bu noktada Snake Eater Operasyonu başlar. 30 Ağustos 1964 tarihinde Snake, Sovyetler Birliği’ne yeniden sızarak hem Volgin’i durdurmak hem de The Boss’u ortadan kaldırmak için görevlendirilir. Snake, bu görevde bir kez daha Major Zero, Para-Medic ve silah uzmanı Sigint tarafından desteklenecek, ayrıca Sovyetler’e sızan iki NSA ajanı ADAM ve EVA ile iş birliği yapacaktır. Görevinin ilk aşaması, gizli bilgi sağlayıcısı ADAM ile buluşmaktır.

Ancak beklenmedik bir şekilde, The Boss ile yeniden karşılaşır ve eski mentoru ona eğer geri dönmezse onu öldüreceğini söyler. Snake, Boss’un Rusların tarafına geçtiğini ve ona pusu kurduğunu öğrenince, eski ustasına derin bir hayal kırıklığı ve öfke ile yaklaşır.

Snake: Neden ihanet ettin?

The Boss: İhanet etmedim. "Sonuna kadar" sadık kaldım. Peki ya sen, Jack? Ne yapacksın? Ülken mi, bana mı sadık kalacaksın? Ülkene mi, mentorun mu? Görev mi, inançların mı? Birliğine olan görev mi? Yoksa kişisel duyguların mı? Henüz gerçeği bilmiyorsun. Ama ister kabul et, ister etme, seçimini yapman gerekecek. Beni affetmeni beklemiyorum. Ama beni yenemezsin de. Beni çok iyi tanıyorsun. Şu bandana bile... Geçmişi geride bırakamazsan, hayatta kalamazsın. Bir daha karşılaşırsak seni öldürürüm.

Snake, Major Zero ile iletişime geçer ve Boss tarafından pusuya düşürüldüğünü, silahını kaybettiğini bildirir. Zero, Snake’e Boss'un sadakatini sorgulamanın zamanı olmadığını, görevine odaklanıp ADAM’ın beklediği fabrikaya gitmesi gerektiğini söyler ve dikkatli olmasını tavsiye eder.

Operasyona başlar başlamaz, Snake’in ilk amacı, ADAM adlı NSA ajanı ile buluşmaktır. Ancak buluşma noktasına geldiğinde, ADAM yerine kendisinin EVA olduğunu iddia eden bir kadınla karşılaşır. EVA, Shagohod projesiyle ilgili kritik bilgilere sahip bir KGB ajanıdır ve Snake’e yardım etmek için görevlendirilmiştir. Ancak EVA, Snake’e gizli parola olan “La-Li-Lu-Le-Lo”yu veremez, bu da Snake’in ona hemen güvenmesini engeller. Yine de kısa süre sonra GRU askerlerinin saldırısına uğradıklarında, EVA, Snake’in hayatını kurtarır ve böylece Snake onunla iş birliği yapmayı kabul eder.

EVA, Snake’e gece boyunca dinlenmesini, zira ormanın geceleri tehlikeli olduğunu söyler. Snake uyurken EVA, üslerine rapor vermek için gizli bir radyo kullanarak mesaj gönderir. Bu, EVA’nın kim olduğuna dair ilk şüphe tohumlarını eker; EVA aslında tam olarak kimdir ve kime sadıktır?

Sabah olduğunda, Snake ve EVA, GRU subayı Ocelot ve birlikleri tarafından saldırıya uğrar. Bu, Snake ile Ocelot arasında önemli bir rekabetin başlangıcıdır. Major Ocelot, genç yaşına rağmen son derece yetenekli bir asker ve silah ustasıdır. Silahlara olan ilgisi, özellikle de revolver'larla yaptığı manevralar, onun ikonik bir karakter olmasını sağlar.

Snake, Ocelot’un askerlerini etkisiz hale getirir, ancak Ocelot, EVA’yı rehin alır. Ocelot, Revolver’ını kullanarak Snake’i öldürmeye çalışır ama silahının sadece 6 mermi aldığını unutur. Bu fırsatı değerlendiren EVA, Ocelot’u durdukları platformdan aşağıya atar, ancak Ocelot kaçar. Bu sırada EVA, Ocelot’u öldürmeye teşebbüs eder, ancak Snake onu durdurur. Ocelot, ilk başta Snake’i küçümser ve yeteneklerini hafife alır; ancak bu karşılaşmadan sonra ona saygı duymaya başlar.

Ocelot ile karşılaşmanın ardından, Snake yoluna devam eder ve Granin Gorki adlı bir araştırma tesisine ulaşır. Bu tesiste, Aleksandr Granin adlı bir bilim adamıyla karşılaşır. Granin, Volgin tarafından dışlanmış bir bilim adamıdır ve kendi tasarımı olan bipedal tank projesi Metal Gear’ı bir türlü hayata geçiremediği için Shagohod’a karşı hınç beslemektedir.


Granin, Metal Gear projesinin askıya alındığını ve Volgin’in tüm kaynaklarını Shagohod’a yönlendirdiğini Snake’e açıklar. Granin ayrıca Volgin’in muazzam servetini nasıl edindiğini anlatır: Volgin, gizli bir servet olan Philosophers' Legacy’yi kontrol etmektedir. Philosophers' Legacy, II. Dünya Savaşı sırasında Rusya, ABD ve Çin’den gelen en güçlü isimler tarafından toplanan devasa bir fon olarak bilinir. Volgin, bu serveti kullanarak Groznyj Grad adındaki devasa askeri kaleyi ve Shagohod gibi yıkıcı projeleri finanse etmektedir. Bu bilgi, Snake’in görevinin yalnızca bir bilim adamını kurtarmaktan çok daha fazlası olduğunu gösterir; Volgin’in ve Philosophers’ Legacy’nin durdurulması, dünya dengelerini etkileyecek bir mücadeledir.

Granin, Snake’e kaleye nasıl sızabileceğine dair önemli bilgiler verir ve Snake, yoluna devam eder. Groznyj Grad’a giden yolda, Snake, Volgin’in emrindeki Cobra Birliği’nin üyeleriyle tek tek karşı karşıya gelir.

Cobra Birliği, The Boss’un eski ekibi olan özel kuvvetlerdir ve her biri farklı doğaüstü yeteneklere sahiptir. Bu noktada Snake, Cobra Birliği’nin ilk üyesi olan The Pain ile karşı karşıya gelir. The Pain, arıları kontrol edebilen telekinetik güçlere sahiptir ve arıları silah olarak kullanır. Snake, zorlu bir mücadele sonunda The Pain’i alt eder ve yoluna devam eder.

Bir sonraki durak, The Fear adındaki başka bir Cobra üyesiyle karşılaşmasıdır. The Fear, son derece esnek ve hızlı bir savaşçıdır. Çevikliği ve stealth yetenekleri sayesinde Snake’e büyük zorluklar yaşatır, ancak Snake yine de galip gelir.

Bu noktada Snake’in karşısına çıkan en zorlu rakiplerden biri The End’dir. The End, Cobra Birliği’nin efsanevi keskin nişancısıdır ve modern keskin nişancılık tekniklerinin babası olarak bilinir. Yaşı 100’ü geçmiş olan The End, neredeyse doğayla bütünleşmiş bir yaşam tarzı sürmekte ve savaş meydanını adeta kendi evi gibi kullanmaktadır.

Sokrovenno adlı geniş bir ormanlık alanda, Snake ve The End arasında büyük bir keskin nişancı düellosu başlar. Bu düello, sadece silah becerilerinin değil, sabır ve stratejinin de savaşıdır. The End, doğayı kendi lehine kullanarak Snake’e karşı üstünlük kurmaya çalışır. Ancak Snake, The End’i yenmeyi başarır ve yoluna devam eder.

Snake, uzun bir yolculuğun ardından Volgin’in kalesi Groznyj Grad’a ulaşır. EVA ile buluşarak ona Volgin’in en yakınındaki isim olan Binbaşı Raikov kılığına girerek üsse sızması gerektiği bilgisini alır. Raikov, Volgin’in sadık bir müttefikidir ve üssün batı kanadında Shagohod’un üretim süreçlerini denetlemektedir.



Snake, Raikov’u etkisiz hale getirerek onun kılığına girer ve Groznyj Grad’a sızar. Üssün içinde ilerleyerek nihayet Sokolov’u bulur. Ancak bu buluşma, Snake için acı bir gerçeği açığa çıkarır. Sokolov, Volgin tarafından ağır işkencelere maruz kalmış ve ölümün eşiğine gelmiştir. Shagohod’un ikinci aşamasının tamamlanmasıyla, bu süper tankın menzili katlanarak artmıştır ve artık ABD’yi doğrudan vurabilecek bir potansiyele sahiptir.

Sokolov’u kurtarmaya çalışırken, Snake, Volgin ve The Boss tarafından yakalanır. Volgin, Snake’in Raikov’a yaptıklarını öğrenmiş ve ona şiddetli bir şekilde işkence etmeye karar vermiştir. Bu işkence sırasında Snake, sağ gözünü kaybeder ve kalıcı bir yara alır. The Boss, Volgin’in işkenceleri sırasında duygusal bir soğukkanlılık sergiler ve eski öğrencisine karşı olan sadakatini tam olarak ifade edemez.

Snake, işkence seanslarının ardından üssün karanlık hücrelerinden birinde hapsedilir. Ancak, EVA’nın yardımıyla bir kaçış planı oluşturur. Bu sırada Volgin, Sokolov’u öldürür ve Snake’in kaçışı sırasında ona çok büyük bir engel olur.

Snake, Groznyj Grad’daki işkenceden kurtulmayı başardıktan sonra, kalan hedeflerini yerine getirmek için tehlikeli bir kaçış planı yapar. Volgin’in güçlerinin peşinde olduğu Snake, Sovyet birliklerinin yoğun takibinden kaçarken üssün altındaki yeraltı kanalizasyon sistemine sızar. Ancak kaçış, sıradan bir kovalamacadan çok daha fazlasına dönüşür. Ocelot ve Ocelot Birliği tarafından sıkıştırılan Snake, umutsuz bir durumda kendini nehirlere ve şelalelere atarak kurtulmayı dener. Ancak, bu noktada Snake mistik ve ruhani bir deneyim yaşar: The Sorrow ile karşılaşır.

The Sorrow, Cobra Birliği’nin eski üyelerinden biridir, ancak iki yıl önce öldürülmüştür. Medyum güçlerine sahip bir ruh olan The Sorrow, Snake’in karşısına çıkar ve ona geçmişte öldürdüğü tüm askerlerin ruhlarını gösterir. Bu, Snake için hem psikolojik hem de duygusal bir sınavdır. The Sorrow, savaşın bedelini ve savaşçının ruhunda bıraktığı yaraları gözler önüne serer. Snake, öldürdüğü askerlerin ruhlarıyla yüzleşmek zorunda kalır ve savaşın acımasız gerçekleriyle baş başa kalır. Ancak, bu rüya gibi deneyimden sonra Snake kendine gelir ve suyun yüzeyine çıkmayı başarır.

Bu mistik karşılaşma, Snake’in kendi iç yolculuğunu başlatır. Savaşın, öldürmenin ve görevlerin ardındaki derin felsefi sorularla yüzleşir. The Boss’un sadakati ve ihanetiyle ilgili kafasındaki sorular daha da karmaşık hale gelir. The Boss’un gerçekten hangi tarafta olduğu, neden Snake’i ihanete uğramış gibi hissettirdiği soruları, artık sadece bir görev meselesi olmaktan çıkmış, derin bir kişisel çatışmaya dönüşmüştür.

Nehrin kenarında kendine gelen Snake, EVA ile yeniden buluşur. EVA, Snake’e Shagohod’un yok edilmesi için gerekli patlayıcıları verir. Shagohod, kalın zırhıyla korunmaktadır, bu yüzden onu yok etmek için hedef alınması gereken kritik noktalar vardır. Snake, Shagohod’un bulunduğu hangara sızar ve C3 patlayıcılarını tankın yakıt depolarına yerleştirir. Shagohod, tam anlamıyla bir ölüm makinesidir ve sadece Volgin’in savaş çılgınlığını tatmin etmek için var gibi görünmektedir.

Tam Snake hangarı terk ederken, Volgin bir kez daha ortaya çıkar. Volgin, Shagohod’un tam kontrolünü ele geçirir ve Snake ile EVA’nın kaçışını engellemek için devreye girer. Shagohod, nükleer füzelerle donatılmış ve olağanüstü hızlara ulaşabilen bir tank olarak hem teknoloji hem de yıkımın sembolü haline gelmiştir. Volgin, bu ölüm makinesiyle Snake’e karşı son bir savaş başlatır.

Volgin, Shagohod’u kullanarak Snake ve EVA’yı Groznyj Grad’tan çıkışlarına kadar takip eder. Motorsikletlerle yapılan kovalamaca sahnesi, Snake’in Volgin’e karşı verdiği mücadelenin en heyecan verici anlarından biridir. Snake ve EVA, Groznyj Grad köprüsü üzerinde Shagohod’u düşürmek için köprünün altına yerleştirilen C3 patlayıcılarını kullanırlar. Patlamanın ardından Shagohod ağır hasar alır, ancak Volgin bir kez daha Shagohod’un kontrolünü ele geçirir ve tankı son bir saldırı için kullanmaya çalışır.

Bu noktada Snake, Volgin’i nihayet durdurmayı başarır. Shagohod’un zayıf noktalarını hedef alarak Volgin’i yenilgiye uğratır. Ancak Volgin’in ölümü sıradan bir savaş ölümü olmaz. Bir yıldırım tarafından vurulan Volgin, Shagohod’un patlayan mermileriyle birlikte alevler içinde kalır ve son nefesini verir. Bu ölüm, Volgin’in çılgınca gücünü ve kontrolsüz yıkım arzusunu sembolize eder.

Volgin’in ölmesinin ardından Snake ve EVA, kaçış için hazırlanan WIG uçağına ulaşmak isterler, ancak Snake’in son bir görevi daha vardır: The Boss ile yüzleşmek. O, Snake’in mentoru, akıl hocası ve ona her şeyi öğreten kişidir.

Snake, Rokovoj Bereg adındaki beyaz çiçeklerle kaplı tarlaya doğru ilerlerken, uzaktan bir Davy Crockett füze rampasından ateşlenen bir füzenin sesini ve ardından gelen büyük bir patlama ile birlikte devasa bir şok dalgasını duyar. Hızla arkasına döndüğünde, elinde boş bir füze rampasıyla The Boss’u görür.

"Hayatın sonu… Güzel değil mi?" der The Boss.

Snake, neden bunu yaptığını sorar. The Boss, ona nedenini açıklamaya başlar.

İkinci Dünya Savaşı'nın sonundan bu yana Philosophers arasındaki çatışmanın dünyayı ikiye böldüğünü anlatır. Amacının bu bölünmüşlüğü iyileştirip dünyayı yeniden birleştirmek olduğunu söyler. Devamında, hükümetin kimin düşman olduğunu belirlediğini, bu yüzden insanların savaşmak zorunda kaldığını belirtir. Çünkü düşmanlıkların zamanla değiştiğini ve siyasetin insanları birbirine düşman ettiğini ifade eder.

Philosophers’ın ülkeler arasındaki çatışmaları durdurabilirse, dünyanın yeniden birleştirilebileceğini ileri sürer.

1950'lerde Nevada Çölü'nde gerçekleştirilen nükleer testler sırasında büyük miktarda radyasyona maruz kaldığını ve bu yüzden çocuk sahibi olamadığını söyler. Snake'in de daha önce Bikini Atolü'ndeki atom testlerinde bir denek olduğunu öğrenmiş ve bu yüzden ona ilk andan beri yakın gördüğünü söyler.

Birkaç yıl sonra, Sovyetler ve Amerikalılar Uzay Yarışı'nın ortasındayken, ABD, uzaya insan göndermek konusunda fazla aceleci davrandığını, ancak bir türlü yörüngedeki radyasyonun etkisini azaltamdıkları için daha önce Nevada’daki testlerden radyasyona maruz kalan The Boss’u seçtiler. Uzaya gidip geri döndüğünde, bu rekabetin bir anlamı olmadığını fark etmeye başlamıştı. Rekabetin bir sonu yoktu; bir noktaya varmak yerine sürekli bir yarış halinde kayboluyorlardı.

Daha sonra, Küba’daki bir görevini anlatır. ABD’nin hava desteği sağlamayı reddetmesi nedeniyle, Kübalı sürgünlerin hükümet tarafından katledilişine tanık olmak zorunda kaldığını söyler. Bu tür görevlerden sonra, hayalinin asla gerçekleşmeyeceğini anlamıştı; dünyayı ancak kendi(The Boss) eyleme geçerse bütün hale getirilebilirdi.

Philosophers'ın tarihini Snake’e açıklar. "20. yüzyılın başlarında, Amerika Birleşik Devletleri, Çin Cumhuriyeti ve yeni kurulan Sovyetler Birliği'nde gerçek güç sahibi olanlar gizli bir toplantı yaptı. Bu toplantı, daha sonra Wisemen's Committee olarak bilinecekti. Orada yaptıkları gizli anlaşma, Philosophers'ın başlangıcını işaret etti." İlk üyelerin ölümüyle birlikte, Philosophers kaosa sürüklendi. Tüm büyük savaşları kontrol edebiliyorlardı, ancak iyilik ya da kötülük anlayışları yoktu. Savaşlar zincirleme bir etki yaratıyordu; bir savaş diğerini tetikliyor ve bu döngü sonsuza dek devam ediyordu.

The Boss, babasının Philosophers'tan biri olduğunu ve kendisinin Philosophers'ın hayatta kalan son çocuğu olduğunu anlatır. İkinci Dünya Savaşı sırasında bir bebeği olduğunu, ancak Philosophers'ın hem babasını hem de bebeğini elinden aldığını söyler. O bebeğin babası ise The Sorrow’dur.

Sonrasında Snake’e teşekkür eder. "Beni dinlediğin için teşekkür ederim." der ve elindeki telsizi tutarak arkasını döner. "Operasyonu başlatın." Geri döner ve Snake’e 10 dakikaları kaldığını, bu sürede MiG’lerin gelip her şeyi bombalayacağını ve Snake’e görevi tamamlamasını emreder.

The Boss, Snake’e karşı tüm CQC (Yakın Dövüş Tekniği) becerilerini sergiler, ancak savaşı kazanmaktan çok, bu dövüşün bir vedalaşma olduğunu bilmektedir. Bu an, Snake için daha önce karşılaştığı hiçbir savaş gibi değildir. Bu, sadece bir düşmanı yenmek değil, aynı zamanda bir ustayı öldürmek zorunda kalmanın ağırlığıdır.

Snake, sonunda The Boss’a üstün gelir ve onu alt eder. The Boss, çiçeklerle kaplı tarlada yere yığılır. Snake ona doğru yaklaşır. The Boss ağır hareketlerle elini kaldırarak Snake’e mikrofilmi uzatır. "Bunu al. Bu bizim tek umudumuz." der.






Snake mikrofilmi alır ve ardından The Boss silahını, Patriot adlı özel tabancasını ona uzatır. Bu, Snake’in görevini tamamlaması için son adımdır: Ustasını öldürmek.






The Boss, yüzünde hafif bir tebessümle "Snake, Beni öldür..." der. Gözyaşlarını içten içe bastıran Snake, The Boss’a silahını doğrultur. O son an, zaman durumuş gibi gelir.
Çevredeki beyaz çiçekler rüzgarda nazikçe sallanırken, Snake’in içinde çalkalanan duygular ona en büyük sınavını verdirir.


Sonunda Snake, tetiği çeker ve The Boss’u öldürür ve beyaz zambaklar kana bulanır, çiçekler kırmızıya döner ve The Boss’un hayatı, çiçeklerin arasında son bulur...

Snake ve EVA, nihayet WIG’e binerek Sovyetler’den kaçmayı başarırlar. Ancak uçuş sırasında Ocelot, bir kez daha ortaya çıkar. Ocelot, uçağa atlayarak Snake’e meydan okur ve ikili arasında son bir dövüş gerçekleşir. Ocelot, Snake’in yeteneklerine hayran kalmış ve ona büyük bir saygı duymaya başlamıştır. Sonunda Ocelot, Snake’e gerçek ismini sorar. Snake, “John” cevabını verir ve Ocelot uçaktan ayrılarak Sovyet topraklarına geri döner.


Alaska’da güvenli bir eve ulaşan Snake ve EVA, geceyi birlikte geçirirler. Ancak sabah olduğunda, EVA’nın ortadan kaybolduğunu fark eder.







Odada geriye sadece küçük bir iz kalmıştır: bir fotoğraf. EVA’nın mağarada buton kamerasıyla çektiği fotoğraf, ters çevirdiğinde arkasında iki kelime yazılıdır: “Güle Güle”.


Fotoğrafın yanında duran bir teyp rulosunu fark eder. Teybi oynatıcıya yerleştirip çalıştırdığında EVA’nın soğukkanlı ve derin sesi yankılanmaya başlar:



"Merhaba, Snake. Umarım rahat bir uyku geçirmişsindir. Öncelikle özür dilemeliyim. Khrushchev tarafından gönderilmedim. KGB ajanı değilim ve NSA için de çalışmadım. Çin Halk Cumhuriyeti’nin bir ajanıyım… Çin Halk Kurtuluş Ordusu’nun Genel Karargâhı’nın 2. Departmanı için çalışıyorum… Her şey bir yalandı… Seni kandırdım… Ve bunun için üzgünüm."

EVA, birbiri ardına itiraflar yaparak, Snake’e anlattıklarının yalan olduğunu kabul eder. Aslında Philosophers’ın bir parçası olduğunu ve Philosopher’s Legacy’yi ele geçirmek için görevlendirildiğini açıklar. Ancak konuşmanın tonu değişir, çünkü EVA, The Boss’a olan sadakatini dile getirmeye başlar. O, sadece bir ajan değil, aynı zamanda The Boss tarafından kendisine emanet edilen bir görevle buradadır.

"The Boss, başından beri her şeyi biliyordu. Seni ve Volgin’i kandırabilirdim ama onu asla. O, her şeyin farkındaydı... Bana kalbini açtı, ama nedenini o zaman anlayamamıştım. Şimdi anlıyorum. Snake, The Boss senin gerçeği bilmeni istedi. Bana her şeyi bu yüzden söyledi. Bu gerçeği öğrenmen için beni seçti."

The Boss’un en başından beri bir hain olmadığını, aslında tüm zaman boyunca vatanına sadık bir kahraman olduğunu söyler. Asıl şok edici olan ise The Boss’un ölümünün aslında bir görev olduğunu açıklar:

"Snake, The Boss ABD’yi asla satmadı. O, vatanı için kendini feda eden gerçek bir kahramandı. Görevini tam anlamıyla yerine getirdi. Tüm plan, Washington’ın eline Philosopher’s Legacy’yi geçirmesi içindi ve The Boss, bu büyük sahnelenen dramanın başrol oyuncusuydu. Volgin’in güvenini kazandı ve Legacy’yi bulmak, onun son büyük görevi oldu."

Ancak her şey planlandığı gibi gitmemiştir. Volgin’in nükleer saldırısı, durumu karmaşık hale getirmiş ve The Boss’un geri dönüş yolunu kapatmıştır. Hükümet, The Boss’un geri dönemeyeceğini, halkın gerçeği asla öğrenemeyeceğini bildiği için ona bir öldüm görevi vermiştir:

"Volgin’in saldırısından sonra, ABD hükümeti The Boss’u geri getiremeyeceğini anladı. Onun ölmesi gerektiğine karar verdiler ve bunu yapacak kişinin sen olmasını istediler, Snake. Onu öldürmen gerekiyordu, çünkü bu, hükümetin planının bir parçasıydı."

EVA, The Boss’un ne kadar ağır bir yük taşıdığını ve bir askerin alabileceği en büyük fedakarlığı yaptığını açıklar. O, hem vatanı hem de dünya barışı için kendisini feda etti, ancak hiçbir zaman gerçek bir kahraman olarak hatırlanmayacaktır. Onun adı tarihte bir hain olarak geçecek, ancak bu fedakarlığın ardındaki gerçekleri yalnızca Snake bilecektir.

"The Boss asla bu görevi bırakmayı seçemezdi. Onu öldürmen gerekiyordu, Snake. Bu, onun kaderiydi. Bir kadının taşıyabileceği en ağır yükü taşıdı ve vatanı için hain olarak öleceğini bilerek bunu kabul etti."

EVA, Snake’in gözlerinin önüne büyük resmi koyar. Tüm dünya The Boss’u bir hain olarak bilecek, ancak gerçekte o vatanı için savaşan bir kahramandır. EVA’nın son sözleri, The Boss’un sadece bir asker değil, bir kadın olarak Snake’in zihninde yaşamak istediğini ortaya koyar:

"O, tarihe bir hain olarak geçecek. Hem Amerika’da onursuz bir hain olarak, hem de Rusya’da bir nükleer felakete neden olmuş bir canavar olarak. Ama Snake, The Boss senin gerçeği bilmeni istedi. Onu bir asker değil, bir kadın olarak hatırlamanı istedi. Ancak bunu sana söylemesine izin verilmedi. Bu yüzden bana söyledi. Bu sır, sadece senin kalbinde yaşayacak, Snake. The Boss gerçek bir kahraman ve gerçek bir vatanseverdi."

EVA’nın sesi durduğunda, Snake’in dünyasında büyük bir değişim olur. Ustasını öldürdüğünü, ama onun bir hain değil, dünya barışı için fedakarlık yapan bir kahraman olduğunu fark eder. O sabah yalnızca The Boss’un anısını değil, Snake’in kimliğini de sonsuza kadar değiştiren bir sabah olur.

Snake, ABD’ye döndüğünde, Başkan Lyndon B. Johnson tarafından onurlandırılır ve kendisine “Big Boss” unvanı verilir. Ancak bu onur, Snake için ağır bir yüktür. The Boss’u öldürmüş olmanın verdiği derin acı ve keder, onu tamamen değiştirir. CIA Başkanı’nın elini sıkmaz, Major Zero ve ekibiyle hiçbir konuşma yapmaz. Big Boss, Arlington Ulusal Mezarlığı’na giderek The Boss’un isimsiz mezarına The Patriot silahını ve çiçekler bırakır, ardından onun mezarına son bir saygı duruşunda bulunur.



Bu son sahne, Big Boss’un dönüşümünü ve bir kahramandan bir anti-kahramana geçişini sembolize eder. The Boss’un trajik ölümü ve Legacy’nin peşinde dönen komplolar, Snake’in tüm sadakat ve bağlılık anlayışını alt üst etmiştir.

Hikâyenin son perdesi, Ocelot’un iki farklı tarafa yaptığı telefon görüşmeleriyle kapanır. İlk olarak KGB Başkanı ile konuşan Ocelot, Sovyetlerin ABD’ye şantaj yapabileceğini ve Khrushchev’in devrinin sona erdiğini ima eder. Ancak, ikinci telefon görüşmesinde CIA Başkanı ile konuşur ve EVA’nın eline geçen Philosophers' Legacy’nin sahte olduğunu açıklar. Gerçek Legacy, aslında ABD’nin elindedir.

Ocelot’un aslında ADAM olduğunu ve hem Volgin, hem KGB, hem de CIA için üçlü bir ajan olarak çalıştığı gerçeği ortaya çıkar. Ayrıca, Ocelot’un gelecekteki Metal Gear projesinin temellerini attığı da ima edilir.