まず日本語対応版AlephOne(AlephOneJP*.*.*-win.zip)をダウンロード、解凍
https://github.com/pfhore-github/alephone

SteamのMarathonインストール先以下ファイルをリネームしてバックアップしておく
例：
・Classic Marathon Steam.exe　→　Classic Marathon Steam.exe_backup

1のうち以下ファイルをClassic Marathon Steam.exeと同じ階層に配置。
・Aleph One.exe
・Fonts.ttf
・Japanease_Text_Strings.mml

以下のファイルはリネームする。
Aleph One.exe　→　Classic Marathon Steam.exe

以下リンクから日本語版リソースファイルをダウンロード、解凍
https://mirrors.dotsrc.org/osdn/marathon/70994/
M1A1-SE_J-1.6.3.7z

うち以下ファイル/フォルダをClassic Marathon Steam.exeと同じ階層に配置（配置する際は上書きはせずスキップを推奨します）
・M1A1 Images.imgA
・M1A1 Map.sceA
・M1A1 Physics.phyA
・M1A1 Shapes.shpA
・M1A1 Sounds.sndA
・Tracks
・Scripts
・Plugins

以上で手順完了です。
タイトル画面やゲーム内ターミナルが日本語になっていることを確認してください。
なお、使用したファイルはM1A1SpecialEditionと呼ばれる非公式修正版であるため細部がオリジナルと異なることがありますが、基本的なゲーム体験は向上しています。
また導入したプラグインはM1A1SE用に最適化されていますので、もともと入っていたプラグインは適宜無効化してよいです。（TTEP1024x1024など)

SpecialThanks
・日本語版リソースの提供をはじめ、当時からここ30年ほど日本Marathon界隈を支えてくださっている @logue256 [x.com]さん
・AlephOneJPをアップデートしてくださっている pfhore-github [github.com]さん

各位、本当にありがとうございます。
なにか問題があればご連絡ください。