Я не программист, не кибернетик и так далее. Я не знаю как устроены эмуляторы, биос или ром-файлы.
Поэтому моё руководство может быть некорректным, ошибочным в терминологии, но самое главное — оно рабочее. Мне во всяком случае помогло.

Так же хочу отметить, что скорее всего здесь изложены методы, которые встречались в других руководствах. Но это не отменяет уникальности этого руководства, потому что подобного гайда именно для Sega/Mega-CD я не видел.

Не исключаю исправлений в комментариях, к которым прислушаюсь и текст руководства будет редактироваться.

Всё руководство базируется на ядре Genesis Plus GX. Что нужно делать с другими ядрами (например, BlastEm) я не знаю, но может в будущем расширю руководство.

При первой загрузке Genesis Plus GX биосы для нужного нам Mega/Sega-CD будут отсутствовать:


Их можно скачать с любого сайта в интернете по запросу "BIOS [регион] SEGA CD". Здесь я приведу ссылку с одним из — тык[segaretro.org]. Скачивайте для нужного вам региона и распакуйте архив.

После распаковки переименуйте ваш файл в соответствии с этими названиями:

• bios_CD_E.bin — Если регион европейский;
  
• bios_CD_U.bin — Если регион американский;
  
• bios_CD_J.bin — Если регион японский;

Связано это с тем, видимо, что ядро способно читать биос только с такими соответствующими названиями. Но от такого редизайна биос не поменяется, ведь все биосы на одну и ту же версию консоли, логично, одинаковые.
В итоге, после переименовывания эти файлы нужно переместить в папку system самого RetroArch, в моём случае это выглядит так:


После всего этого биос будет установлен и в настройках ядра будет отображаться их присутствие:


На этом с установкой биос всё.

Если с любым другим ядром запуск игры был делом лёгким, то тут потребуется немного поднапрячься.
Из-за особенностей носителя для работы игры требуется по мимо файла с расширением .bin ещё файл с расширением .cue. По всей видимости, он нужен, чтобы ост игры нормально воспроизводился.
Обычно во всех ромах, что встречаются в интернете, файл .cue присутствует. Если его нет, то более подробный гайд с запуском игр на Mega/Sega-CD на английском можно будет найти в послесловии руководства.


В любом случае, после скачивания архива с ромом запуск игры должен начинаться именно с файла .cue, а не .bin (поскольку у меня это вызывало ошибку).


И после этого игра либо запуститься, либо после запуска RetroArch нужно будет в "file" нажать "Загрузить контент" и загрузить уже файл .bin.


И игра запускается!


Важная помарка: если ваш архив содержит такое сочетание, как iso-файл и саундтрек в виде mp3, то после запуска в игре будет отсутствовать саундтрек, но звуковые эффекты останутся (Так во всяком случае с Sonic CD)

В целом, запустить игру для Mega/Sega-CD не особо трудно, но муторно. Хотя всё ещё не исключаю того, что просто я не компетентен и есть решение проще.
В конце концов, не понятно зачем вообще эмулировать игры для Mega/Sega-CD, потому ни одной игры, кроме Sonic CD, заслуживающей внимания, я особо не знаю.

Источники:
https://docs.libretro.com/library/genesis_plus_gx (Разделы BIOS и Loading Sega CD games)
https://segaretro.org/Sega_Mega-CD/Boot_ROM#ROM_dump_status