В данном случае отличия будут только в путях установки файлов от модификаций. Поскольку в Линукс, при работе с играми, используется Proton, Port-Proton или Wine. Это ПО создает так называемые префиксы, которые в свою очередь создают псевдо-системный диск Windows, выглядящий как набор директорий на вашем диске. Необходимо это для того, чтобы установить зависимые библиотеки и прочие нужные вещи от виндовс-систем на вашу ОС, для того, чтобы игра корректно запустилась. Для каждой игры - префикс уникален.
Чтобы открыть эту директорию, нужно найти в файловой системе префикс игры, либо открыть нужную директорию через свойства в Стиме.

По сложности процесса установки модификаций, мы с вами знакомились в другом руководстве:
https://gtm.steamproxy.vip/sharedfiles/filedetails/?id=3122794327

Находите нужную модификацию и следуете пунктам установки. Добавлять, доустанавливать в систему ничего не нужно, если вы используете моды без исполнительных файлов или не используете глобальные модификации с собственным набором инструментов.
Следует помнить про прошлый пункт с файловой системой и директориями.

Например, ознакомьтесь с руководством, как устанавливать мод на озвучку:
https://gtm.steamproxy.vip/sharedfiles/filedetails/?id=3133213692

Точно также, устанавливается 99% модов!

Их нет. Все тоже самое, что и на Windows. Стоит обратить внимание на производительность устройства. Если у вас Steam Deck, то рассчитывать, на то, что за счет Линукса у вас будут работать графические моды лучше, чем на том же Windows - не имеет смысла.

В случае с Линукс, будут в большом выигрыше те, кто обладает видеокартами AMD. Видеокарты Nvidia работают, но есть много нюансов, которые могут испортить опыт взаимодействия. На игры это мало отражается, но некоторые замечательные преимущества системы, по типу Wayland вам будут недоступны.

Сразу предупрежу, что RTX и DLSS на Linux РАБОТАЕТ.

По операционным системам, путем проб и ошибок, удалось выявить небольшую рекомендацию:

• Bottles
  
• PortProton
  
• Steam (Proton)
  
• Wine
  
• Litrus