Старые игры, в том числе S.T.A.L.K.E.R., используют эксклюзивный режим ввода, из-за чего до Windows попросту не доходят команды, которые вы нажимаете на клавиатуре.
Для отключения этого режима, в свойствах игры в Steam нужно установить параметр запуска "-i" (без скобок)

UPD: В enhanced edition присутствует та же проблема, но если использовать метод из руководства, на экране появляется дублирование курсора, которое невозможно убрать.