Это дополнение представляет игроку тот же сеттинг (мир и события), что и оригинал, с той лишь разницей, что игрок берёт под своё управление капрала Адриана Шепарда, солдата спецподразделения HECU.

Капрал Адриан Шепард и его команда достигают ПС (Посадочная зона 112) в Чёрной Мезе. Их конвертоплан сбивает скатообразный летательный аппарат цивилизации Зена под названием «Манта». Во время крушения Шепард теряет сознание, а когда приходит в себя — видит вооружённые столкновения между солдатами HECU и пришельцами Зена.
Шепард приходит в себя в лазарете, куда его принесли выжившие люди из персонала Чёрной Мезы, невдалеке от места крушения. По ходу своего продвижения, он видит множество трупов солдат и людей из персонала комплекса, убитых пришельцами. Достигнув места крушения, капрал находит уцелевшее радио и связывается со своим отрядом. От них он узнаёт, что объявляется всеобщая эвакуация солдат из Чёрной Мезы и назначается новая точка сбора. Адриан продвигается к точке встречи со своим отрядом.

Шепард продвигается через Чёрную Мезу к назначенному пункту эвакуации и впервые видит представителя таинственной Расы Х, которая, кажется, собирает людей для изучения в своём мире. Шепард достигает точки сбора, но G-Man не даёт Шепарду эвакуироваться с остальными, заперев его в ангаре. Последний вертолёт со спецназовцами улетает.

Шепард вынужден продолжить своё путешествие по Чёрной Мезе, пытаясь найти другой выход из комплекса. Пробравшись через наводнённую хедкрабами и зомби утилизирующую печь, Шепард встречает других спецназовцев, которые также не успели покинуть комплекс. Солдаты присоединяются к Адриану, и они вместе пытаются выбраться с территории комплекса.

После битвы в офисных комплексах, наводнённых пришельцами, Шепард добирается до ангара, где он замечает двух солдат в чёрной униформе, которые загружают в грузовик ядерную боеголовку. Как только они замечают Адриана, тут же атакуют его, и Шепарду приходится защищаться. Он понимает, что чёрные оперативники были посланы убить оставшихся в Чёрной Мезе людей (в том числе и не успевших эвакуироваться спецназовцев) и положить конец инопланетному вторжению. Шепард снова встречает несколько дружественных солдат, и они вновь вступают в сражение против оперативников, в конечном счёте добираясь до подземной железной дороги, ведущей в комплекс «Лямбда».

Шепард прибывает прямо в телепортационный зал комплекса «Лямбда» и замечает Гордона Фримена, телепортирующегося в Зен. Отбиваясь от пришельцев-контроллеров, Шепард также прыгает в другой новообразовавшийся портал и некоторое время путешествует сквозь Зен, где вскоре находит портал обратно в комплекс.

Вернувшись в Чёрную Мезу, Шепард попадает в затопленные лаборатории гидрофауны, где обитают несколько инопланетных амфибий — ихтиозавров. После путешествия через лаборатории, Шепард снова прыгает в телепорт, ведущий в Зен, и возвращается в соседнюю часть комплекса.

Шепард пробивается сквозь комплекс лабораторий «Биокупола», используемых ранее как центр по изучению флоры и фауны Зена. Наконец, он добирается до старой индустриальной области, и слышит радиопередачу от группы спецназа, сражающейся с какими-то неизвестными существами.

Шепард попадает в область по переработке отходов, где огромный инопланетный червь блокирует ему путь. Шепард убивает червя, подлив ему в воду токсические отходы, и проходит в следующую область Чёрной Мезы, канализацию.

В компании с несколькими выжившими солдатами Шепард продвигается через область, контролируемую снайперами чёрных оперативников. Затем он спускается через подземные каналы и проходит в канализацию, где образовалось гнездо волтигор. Прорвавшись через гнездо, капрал выбирается на поверхность, встречает боевых товарищей и переправляется через дамбу ГЭС, где ещё несколько солдат пытаются совладать с Гаргантюа. Шепард использует взрывчатку, чтобы уничтожить большую тварь, и уходит по прорванным трубам. Название главы происходит из фонетического алфавита НАТО, относительно букв F и U. Это военный эвфемизм для нецензурного словосочетания «♥♥♥♥♥♥ Up».

Шепард продвигается по поверхности Чёрной Мезы, сталкиваясь с многочисленными отрядами чёрных оперативников, их артиллерией и вертолётом AH-64 «Апач», а также с пришельцами — шоковыми солдатами. В конце уровня он добирается до подземной автостоянки, где двое чёрных оперативников активируют термоядерную боеголовку для уничтожения комплекса. Шепард убивает их и деактивирует бомбу, но позже видит, как G-Man снова активирует заряд.

После путешествия через склад, наводнённый оперативниками и созданиями Расы Х, Шепард попадает в индустриальную зону Чёрной Мезы, где сталкивается с огромным Геночервём, биологической формой жизни Расы X, пытающейся пробраться через портал на Землю. Геночервь атакует Шепарда, но капрал, используя стационарные лазерные турели, ослепляет и убивает чудовище; когда оно умирает, вокруг него начинают появляться порталы, в один из которых попадает Адриан.
Шепард приходит в себя в конвертоплане V-22 Osprey, сидя перед G-Man’ом. Бомбы в Чёрной Мезе взрываются, а G-Man оставляет Шепарда в странном месте, где он «не сможет навредить ни другим, ни себе», поскольку Адриан импонирует ему своей выдержкой, но является опасным свидетелем.