Все зелья, увеличивающие характеристики, идут в бонус. Поэтому можно хоть сразу отправиться по всему миру соскребать разбросанные зелья.

Все бонусы от зелий и от специализаций с модификациями идут в зачёт при прокачке умений у учителей. Т.е. надел-прокачал-снял-осталось.
Другое дело, что модификаторы и специализации прибавляют только силу и/или ловкость и только одни очки прибавляют интеллект. Где что лучше смотреть отдельно на интерактивных картах или
https://www.neoseeker.com/elex-2/guides/Armour_Accessories

В игре есть ряд очков, дающих уникальные бонусы. В начале игры можно быстро и относительно безопасно добраться до тех, что подсвечивают вещи. В игре, где всё валяется повсюду штука очень нужная, если не необходимая.

Всякие монстры рано или поздно перерождаются. Даже те, с которых падают материалы для зелий характеристик. Отлавливать кто где начнёте во второй половине игры, если изучали карту. Тролли привязаны больше к биомам, Елексовые (Циклопы в частности) и Тёмноэлексовые мутанты уже привязаны больше к конкретным местам.

Ачивок в игре за сложность нет, а в конце игру конкретно так перекосит в боёвку, поэтому советую не брать высокую сложность, т.к. просто бьют сильнее и сами переносят больше. Ну и не стеснятся её менять по ходу игры.