İşine geç kalan Dr. Gordon Freeman saat 8:47'de Black Mesa Araştırma Tesisine ulaşır. Kendisinin çalıştığı bölüm olan Anormal Materyaller Laboratuvarına Black Mesa'nın gelişmiş tren sistemini kullanarak varır ve güvenlik görevlisi tarafından çok önemli bir deneyin yapılacağının bilgisini alır. Bu yüzden Freeman iş yerindeki Tehlikeli Ortam Kıyafetini (H.E.V. Suit) giyerek tesisin alt bölümlerine iner ve Anti Kütle Odası'na ulaşır. Bu yer deneyin yapılacağı yerdir. Yapılacak deneyde kullanılacak örnek laboratuvarın şu zamana dek gördüğü en özel ve en değişken örnektir. Freeman'ın görevi bu örneği analiz etmek için Anti Kütle Spektrometresi'ne yerleştirmektir. Freeman örneği yerleştirdiği anda spektrometre patlar ve Dünya ile Xen arasında bir portal açılır. Patlama sonucu Freeman kısa süreliğine Xen'e ışınlanır ve tekrar Dünya'ya döner. Freeman uyandığında patlamada yıkılan Anti Kütle Odasında olduğunu fark eder, bilim adamlarının ve güvenlik görevlilerini cesetlerini bulur. Freeman hayatta kalanları bulduğunda tesisdeki bütün iletişim yollarının kesildiğini öğrenir. Bu yüzden Freeman'ın görevi tesisin yüzeyine çıkarak yardım istemektir. Hayatta kalanlar kaza bölgesine gelen askeri HECU (Hazardous Environment Combat Unit) birliklerinin onları tesisden kurtaracaklarını düşünürler ve umutlanırlar ama kısa süre sonra öğrenirler ki askerler kimseyi kurtarmaya gelmemiştir. Aksine hayatta kalan ne kadar görgü tanığı var ise ortadan kaldırmaya gelmişlerdir. Freeman yüzeye çıkmadan önce Lambda Kompleksinde bulunan bir ekibin bu durumu düzeltebileceklerini öğrenir. Bu yüzden Freeman onlara yardım edebilmek için Lambda Kompleksine doğru gitmeye başlar. Bu yolculuk sırasında Gordon birçok engelle karşılaşır. Bunlardan biri 3 kollu bir yaratığı yok etmek için Roket Motoru Deneme Tesisi'nde bulunan roketlerden birini yeniden aktive ederek yaratığı öldürmesi gerekir. Freeman yaratığı öldürerek yoluna devam eder. Ama rahatlığı kısa sürecektir çünkü Freeman HECU askeri birliklerinin tuzağına düşer ve bir çöp öğütme makinesinin içine atılır. Ama Gordon levyesini bulur ve kaçmayı başarır. Bu sırada yolculuğu tesisin eskiden kullanılan kısımlarında geçer ve kazadan uzun zaman önce Xen'den toplanmış örnekler bulur. Freeman yüzeye ulaştığında etrafın savaş alanına dönmüş olduğunu görür, Xen'den gelen uzaylılar ile HECU birlikleri savaş içindedir. Askerlere yardıma gelen destek birimlerine rağmen uzaylılar tarafından yenilgiye uğrarlar. Freeman düşen kayalar ve yıkılan bina parçalarına rağmen güvenli bir şekilde yeraltına ulaşır. Askerler, Black Mesa'ya hava saldırısına başladıkları sırada Freeman yeraltı su kanallarından Lambda Kompleksine ulaşır. Ve Freeman burada öğrenir ki kazadan önce toplanan örnekler, kazadan önce Lambda Kompleksinde yapılan bir portaldan Xen'e geçerek alınmıştır. Freeman kompleksde bulunan ekiple tanıştıktan sonra ekip Freeman'a uzaya fırlattığı uydunun portalı kapatma konusunda başarısız olduğunu, bunun sebebinin ise portalın öteki tarafından, yani Xen'den, bir gücün portalı açık tuttuğunu söyler. Bu yüzden bilim adamları kendi portallarını aktive ederler ve Gordon'ı Xen'e yollarlar. Gordon Xen'e gittiğinde kendisinden çok daha önce Xen'e ulaşan Black Mesa personellerinin cesetlerini bulur. Gordon yoluna devam ederken Gonarch (Headcrabs'ların üremesini sağlayan yaratık) ile karşılaşır ve onu öldürmek zorunda kalır. Gonarch'ı öldüren Freeman uzaylıların ve işçi yaratıklarının bulunduğu bir kampa ulaşır. Freeman buradaki yaratıkların düşmanı olmadığının farkına varır. Freeman yoluna devam eder ve karşısına çıkan bütün saldırgan uzaylılarla savaştıktan sonra büyük portalı bulur ve onu kullanarak ışınlanır. Portaldan içeri giren Freeman Nihilanth ile karşılaşır. Nihilanth'ın kafasında bulunan zayıf noktasını bulan Freeman son bir darbe ile Nihilanth'ı öldürür. Freeman Nihilanth'ı öldürdükten sonra bayılır ve gözlerini G-Man'in önünde açar. G-Man Freeman'a yolculuğu boyunca onu izlediğini söyler ve Freeman'ı Xen'deki görevinde başarılı olduğu için tebrik eder. G-Man, işverenlerinin kendisinin potansiyelinin olduğunu düşündüklerini açıklar ve ona bir iş teklifi sunar. Freeman teklifi kabul eder* ve süresi olmayan bir sonsuz bir uykuya yatırılır.

Being late for work, Dr. Gordon Freeman arrives at the Black Mesa Research Facility at 8:47 PM. He arrives at the Abnormal Materials Laboratory, the department where he works, using Black Mesa's advanced train system and is informed by the security guard that a very important experiment will be performed. Therefore, Freeman wears the Hazardous Environment Suit (H.E.V. Suit) at work, descends to the lower parts of the facility and reaches the Anti-Mass Room. This is where the experiment will take place. The sample to be used in the experiment is the most special and variable sample the laboratory has ever seen. Freeman's task is to place this sample in the Anti-Mass Spectrometer for analysis. As soon as Freeman places the sample, the spectrometer explodes and a portal opens between Earth and Xen. As a result of the explosion, Freeman briefly teleports to Xen and returns to Earth. When Freeman wakes up, he realizes that he is in the Anti-Mass Room, which was destroyed in the explosion, and finds the bodies of scientists and security guards. When Freeman finds the survivors, he learns that all communications in the facility have been cut off. So Freeman's job is to get to the surface of the facility and ask for help. The survivors are hopeful and hopeful that the military HECU (Hazardous Environment Combat Unit) troops arriving at the crash site will rescue them from the facility, but soon learn that the soldiers have not come to rescue anyone. On the contrary, they came to eliminate how many eyewitnesses there were who survived. Before Freeman resurfaces, he learns that a team at the Lambda Complex can fix the situation.So Freeman starts heading towards the Lambda Complex to help them. During this journey, Gordon encounters many obstacles. To destroy a 3-armed creature, one of them must reactivate one of the rockets in the Rocket Engine Test Facility, killing the creature. Freeman continues on his way by killing the creature. But his relief will be short-lived because Freeman falls prey to HECU troops and is thrown into a garbage disposal. But Gordon finds his crowbar and manages to escape. Meanwhile, his journey passes through formerly used parts of the facility and finds specimens collected from Xen long before the accident. When Freeman reaches the surface, he sees the area turned into a battlefield, with the aliens from Xen and the HECU troops at war. Despite the support units coming to help the soldiers, they are defeated by the aliens. Despite falling rocks and collapsing building fragments, Freeman makes his way safely underground. As the soldiers begin their air raid on Black Mesa, Freeman reaches the Lambda Complex through underground water channels. And it is here that Freeman learns that samples collected before the accident were taken by passing to Xen through a portal made in the Lambda Complex before the accident. After Freeman meets the team at the complex, the team tells Freeman that the satellite they launched into space failed to close the portal, because a force from the other side of the portal, namely Xen, kept the portal open. So the scientists activate their portal and send Gordon to Xen.When Gordon goes to Xen, he finds the bodies of Black Mesa personnel who reached Xen long before he did. As Gordon continues on his way, he encounters Gonarch (the creature that breeds Headcrabs) and is forced to kill him. After killing Gonarch, Freeman arrives at a camp with aliens and worker creatures. Freeman realizes that the creatures here are not his enemies. Freeman continues on his way and after fighting all the attacking aliens he encounters, he finds the large portal and teleports using it. Entering the portal, Freeman encounters Nihilanth. Finding the weak spot in Nihilanth's head, Freeman kills Nihilanth with one final blow. After Freeman kills Nihilanth, he faints and wakes up in front of G-Man. G-Man tells Freeman that he has followed him throughout his journey, and congratulates Freeman on succeeding in his mission at Xen. G-Man reveals that his employers think he has potential and offers him a job. Freeman accepts the offer* and is put into an indefinite eternal sleep.