Abaixo da superfície, sob a cidade morta de Novosibirsk, o Coronel Khlebnikov segue a caminho de casa em busca de seu filho, Kirill, na véspera do ano novo.

Entretanto, os moradores do local não estão nada bem: a gosma segue tomando os túneis, ataques de mutantes têm aumentado e a preciosa ""coisa verde"" que protege o povo contra a radiação está acabando. Para garantir a sobrevivência do povo, os responsáveis precisam tomar medidas drásticas…

Seguindo a jornada e as experiências de Khlebnikov durante seus últimos dias de vida em Novosibirsk, agora no controle do Coronel Miller um ano mais tarde, os jogadores encontrarão a clássica jogabilidade focada na estória da série Metro neste novo capítulo linear, que inclui uma arma inédita, o perigoso lança-chamas, ambientes claustrofóbicos e a boa e velha tensão de arrepiar.