主线剧情打败古城飞龙后开放。
种子有5种。包括植物种子、石之种子、火之种子、水之种子、神秘种子。
植物种子在本系统开放时自动获得配方。
石之种子、水之种子通过植物种子的配方变化而来。
火之种子通过石之种子的配方变化而来。
神秘种子通过水之种子的配方变化而来。
其中，神秘种子种下后需要7天后才能收获，其他需要5天后收获。
但是，种子在调合时可以赋予“茁壮成长”效果，“茁壮成长·小”可以缩短1天收获所需时间。中、大、超则分别缩短2、3、4天。此外，还可以通过更改对应效果的工房外观来缩短天数，但是无论如何，收获所需时间最多只能被缩减为1天。
一块田可以收获2~4个道具，收获的道具是在种下种子时就决定好的，所以在收获的时间点上用S/L来刷收获物是没有用的。
种子在调合时可以赋予“收获量上升”效果，小、中、大、超分别可以提高采收量1、2、3、4个。
收获物的品质是由种子的等级和品质决定的，具体见下表。
结果小数点后向下取整。
如果种子品质由于品质上升系特性而上升、那么收获物的品质以上升后的品质为基准计算。
另外，根据使用种子的等级，有约10%的概率收获到具有以下效果的稀有收获物。种子在调合时赋予“稀有收获率上升”效果，可以提升该概率。

下表的等级指的是收获该物品所要求的种子等级。例如食毒草等级是C，那么必须种下等级为C或者更高等级的种子才可能收获到食毒草。
此外，要想收获5种元素核心，不仅需要使用的神秘种子是S级，还必须带有“稀有收获率上升”的效果，具体收获率也和“稀有收获率上升”的等级挂钩。

主线剧情第一次前往异界回归后开放。
1天之内只能喂食3次，每日0时重置次数。
累计喂食6次，噗尼会外出，次日5时回归并带回5~7个道具，然后变回初始状态。
喂食产生的属性变化无法取消，只能等到下一次外出回归后变回初始状态。
初次喂食以下道具时会触发事件：
中和剂类、有毒材料类、炸弹类、噗尼噗尼类、拉森布丁、金创粉、形意口琴、贤者之石、陈旧的魔导书、魔兽甲壳

见下表
注：除了蓝噗尼是初始形态以外，其余10个形态在初次达成时都会触发事件。

根据作为饲料的道具的种类，噗尼的三种属性的变化值见下表
注：
具体的属性变化值只与道具种类、等级和赋予类别有关，与品质、特性、效果、属性值等都无关。
一些道具同时属于多个种类，这种情况下数值会叠加。例如山羊奶，既是水类也是食材类，查表得D级水类+2体力+3心情，D级食材类+6体力+6心情，那么1个D级山羊奶就是+8体力+9心情。
效果赋予的类别也有效。例如1个普通E级中和剂·红-2体力+3色泽+1心情，而1个有赋予(火药)的E级中和剂·红就会和E级火药类的-2体力+1色泽叠加，变为-4体力+4色泽+1心情。

下表是常用的饲料，没有在括号里标注等级的都是指S级。可以通过此表推算变化为指定形态噗尼所需的饲料。
例1：2个S级饼干+4个S级明胶粉=80体力84色泽96心情，可以把噗尼的三种属性都提升到100
例2：6个A级琥珀水晶=-24体力-24色泽-24心情，可以把噗尼的三种属性都降到0（顺带一提，A级的琥珀水晶可以去调合的采集地采集，旅行瓶密码YYK5）

最高级的闪光噗尼会带回永恒结晶等稀有材料，这是获得无法在种田或调合中获得的高品质素材的少数手段之一。
闪光噗尼带回的材料主要有：
光砂
永恒结晶
太阳花
永世之焰
妖精的碎片
魔巨人之核
大噗尼珠
英灵之魂
三角甲虫
黄金海胆
库肯果
巨大的爪子
等。

黑噗尼和深渊噗尼主要带回异界的材料，如果想要异界的材料，可以尝试故意压低噗尼的三种属性。
深渊噗尼带回的材料主要有：
异界之核
魔兽甲壳
受污染的腐叶土
钢化蛛丝
噗尼噗尼珠·黑
异界之主
等。

巨大噗尼是唯一能带回龙眼的噗尼形态。(也有消息说黑噗尼有极低概率带回龙眼，存疑)而且品质比击败怪物所得的要高得多。如果想要一个好的龙眼，可以定向培养巨大噗尼。
巨大噗尼带回的材料主要有：
太阳花
龙眼
古骑士纹章
巨大的爪子
等。