Oyunun hikayesi Desmond Miles isimli bir barmen Abstergo şirketi tarafından kaçırılır. Animus adındaki atalarını genetik hafızalarını canlandırılabilen bir zaman makinesine zorla bağlanır.Ardından zaman makinesi 3. Haçlı Seferi Dönemindeki yaşayan Desmond'un atası olan bir suikastçi Altair İbn-La'Ahad hakkında bilgi almak için üzerinde çalışırlar. Animus'un içinde, Alttair'in anılarını ortaya çıkarır ki, kendisi bir tapınaktan önemli bir artefaktı almak isteyen Robert de Sable'yi durdurmak istemektedir.Lakin Altair bu sırada Kardeşliği'nin üç yeminini bozarak Kardeşliği'nin lideri Al Muallim tarafınan rütbesini çıraklığa düşürür ve eski saygınlığını kazanması için 9 kişiye suikast düzenlemesini ister
Altair suikasteri tamamlaya tamamlaya her birinin, Robert de Sable'ın da kaçırmaya çalıştığı "Cennet'in Parçaları" adındaki objelerini arayan birer Tapınak Şovalyesi olduğunu öğrenir. Altair en sonunda Kral Aslan Yürekli Richard'ın önüne gelmeye çalışırken Robert ile karşılaşır ve Robert'i ihanet ile suçlar. Robert Altair'in iftira attığını söylese de Kral Richard ona inanmaz. Kral Richard onların adil bir düello yapmalarını ister. Altair Robert ve yandaşlarına karşı savaşarak hepsini öldürür. Robert Altair'e son nefesinde 10. Tapınak Şovalyesinin varlığından bahseder: Al Muallim. Kafası karışık bir şekilde Kardeşliğe geri dönen Altair,Al Muallim'in insanların bilinçlerini kontrol etmeye yarayan Cennetin Parçası'nı kullanarak Maysaf halkını hipnotize ettiğini görür. Hipnoze olan masum Maysaf halkına karşı savaşarak önünü açıp Al Muallim'e ulaşır ve onunla kozlarını paylaşır. Nihayetinde Altair Al Muallimin Cenet Parçası'nın desteği ile oluşturduğu ilüzyonlardan kurtulup Al Muallim'i öldürür. Ardından Cennet Parçaların'ı gösteren bir projeksiyon çalışr.
O sırada, görevlerini tamamladığı için Desmond Animus'tan uyandırılır. Desmond, Abstergo Şirketi'nin günümüz Tapınak Şovalye Organizasyonu olduğunu farkeder. Ve Abstergo Altair'in haritasındaki görünen noktalarda yer alan Cennet Parçalaını aramak için ellerinden geleni yapmaktadır. Bu sayede 2012 dünyanın sonunun gerçekleşmesini önleyebilmek için dünyadaki tüm insanları kontrol altında tutabilmeyi amaçlamışlardır. Desmond Abstergo çalışanı sanılan aslında bir suikastçi olan Lucy Stilmann tarafından kurtarılır. Kilitli odada kalan Desmond, atası Altair olarak zaman geçirmiş olduğundan "Kartal Görüşü" (Eagle Vision) yeteneğini kazanmış ve kendisinden önceki üzerinde çalışılan Denek 16 tarafından kanla duvarlara ve yerlere yazılmış kan izlerini görür. Bu izler ve yazılarda "dünyanı sonunu geleceğine dair kehanetlerde bulunan çeşitli mesajlar" vardır.

Oyun bence ilk Assassin oyununa göre gayet başarılı ve güzel. Oynamaya değer.