L'actuelle ville de Medellín s'est appelée différemment au cours de son évolution : Aburrá de los Yamesíes, San Lorenzo de Aburrá, San Lorenzo de Aná, Valle de San Bartolomé, Villa de la Candelaria de Medellín et Medellín. Le nom de la ville honore Medellín d'Estrémadure (Espagne) car la plupart des conquérants espagnols, tels que Gaspar de Rodas, le premier gouverneur d'Antioquia, étaient originaires de cette région de Badajoz. Le comte Pedro Portocarrero y Luna, Président du Conseil pour l'Inde de l'ouest (Consejo de Indias), demanda à la monarchie de donner le nom de Medellín d'Extremadura à une nouvelle fondation américaine. Sa demande fut acceptée le 22 novembre 1674, quand la Régence Marie-Anne d'Autriche proclama le nom de Villa de Nuestra Señora de Medellín. La proclamation officielle a été donnée par le gouverneur Miguel Aguinaga y Mendiogoitia le 2 novembre 1675.