1893年出生了个小女孩，名叫安娜(后改名为伊丽莎白），父母是布克和安娜贝尔，但安娜贝尔在分娩时抢救不当，最终消香玉陨。悲痛万分的布克从此一蹶不振，沉迷于赌博和酗酒中无法自拔
繁重的债务促使着布克走向了一条不归路，自伊丽莎白出生以来她就有两个来自不同时空的父亲。一个是布克，另一个则是改名为康姆斯托克的布克
失魂落魄的布克把年幼的伊丽莎白卖给了平行世界的康姆斯托克，就为了还赌博酗酒的债务，而康姆斯托克呢，因为频繁地使用跨时空机器，导致失去了生育能力。于是乎，康姆斯托克命令自己的手下前往不同的平行世界寻找自己的子嗣，很快找到了布克的女儿安娜，并对布克说如果将女儿交出来债务就一笔勾销。
那一天布克彻底后悔了，与另一个自己抢夺自己的女儿，在时空门关上的那一刻 伊丽莎白的小拇指被切断了，连接了两个时空，这一刻伊丽莎白成为了量子观察者并拥有了跨时空和平行世界的能力，这就是一切的起因
在结局，伊丽莎白带着布克了解了一切的真相，此时布克才明白伊丽莎白才是自己的女儿，而康姆斯托克是平行时空另一个误入歧途的自己。
在当初接受洗礼后的布克成为了康姆斯托克，他的本性和内心也就发生了改变，找到了路特斯兄妹并创建了哥伦比亚(天空之城）然后发明机器开启了异次元大门，导致了后续的一系列悲剧
最终，布克回到了当初洗礼的水边，无数的平行世界重叠在一起，布克看着多个平行世界的伊丽莎白，她们伸出双手溺死了自己，生命也就走向了终结，最初的布克死了，无数平行世界的伊丽莎白也变成了唯一

海葬DLC-1
在主世界还存在的唯一一个伊丽莎白还存在于世间，此时的她拥有着神力，可以自由穿梭在各大平行宇宙和时空。而有一个康姆斯托克在交换安娜时，出乎预料的是年幼的安娜被拦腰折断，死在了康姆斯托克面前，随后他求卢特斯利用时空机器送到销魂城(一代二代的主要场景）并在那里改名为布克成为了私家侦探，后来在收养一个小女孩萨丽一段时间后，突然发现在自己赌博时被抓走并改造成为litter sister，最后这个康姆斯托克的真实身份被伊丽莎白识破，接着惭愧的康姆斯托克被大老爹用转头捅穿背部而死。
海葬DLC-2
接着上一段剧情，大老爹暴走将康姆斯托克和伊丽莎白杀死，而伊丽莎白在销魂城中获得了重生，失去了穿梭的能力，此时的伊丽莎白也看到了一代的主角杰克也代替她去拯救litter sister，最后为了换回萨丽的自由，在被亚特拉斯(一代最终boss）扳手的重击下慢慢失去了意识。漆黑的背景和昏暗的灯光衬托着一位女人临死前的凄凉鲜血沾满了伊丽莎白的脸颊，她的灵魂和生命即将要抵达人生的终点，眼前浮现着一代主角杰克打败方玎拯救萨丽的片段，最终这个伊丽莎白的使命就此达成，结束了那场永无止境的人间悲剧

• 我想回到1893年10月8号那天
  
• 那是我将你送走的那天
  
• 那是我开始失去你的那天
  
• 那时你还是我的Anna
  
• 如果能够重来一次的话
  
• 我保证再也不会让你离开我了