晚上8时30分时，由于军队的直升机出现在天安门广场上空使得示威学生在各个大学校园呼吁学生加入其行列。晚上10时，示威学生依照预定时间在民主女神的基座附近举办天安门民主大学的成立仪式[282]。但是10时16分时，由政府控制的扩音器警告说部队可以在实施戒严期间采取任何强制执行的措施[282]。晚上10时30分，随着看见军队以实弹射击的目击者陆陆续续从北京市区西侧和南侧进入天安门广场，在天安门广场上的示威学生与群众也了解到有关暴力事件的消息[282] 。在午夜时分，学生扩音器则宣布一名学生在靠近中国人民革命军事博物馆的西长安街遭到杀害，这使得待在广场上的群众陷入忧郁情绪[282]。学生指挥部副总指挥李录随即要求学生保持团结，并且坚持以非暴力的手段以争取继续占领天安门广场[282]；凌晨0时30分，吾尔开希则指控一名北京师范大学女学生在晚间离开校园后遭到杀害，之后吾尔开希便因为突发昏厥而被救护车带离广场[282]。而在这时候，仍然有70,000人至80,000人继续留在天安门广场上[282]。

大约凌晨12时15分，军方开始发射照明弹以提供夜间照明[283]，并且第一辆63式装甲运兵车自天安门广场西侧出现并且从广场前的道路快速通过[282]，大约五分钟后出现第二辆装甲车，两者均往东长安街驶去[250]。凌晨12时30分左右则有2辆装甲运兵车抵达天安门广南侧，学生便陆陆续续向军方车辆丢掷水泥块[282][284]。之后其中一辆装甲运兵车突然发生故障而无法移动，示威群众便用棍棒破坏车辆并且以浇上汽油的棉被放火焚烧。而因为车辆遭到焚烧而紧急逃出的3名军人则被示威群众殴打，但学生则组织警戒线并且护送3人到位于广场东侧中国国家博物馆的急救站医治[282]。之后在承受极大压力的情况下学生领袖曾经一度放弃非暴力手段并且准备展开报复行动[285]，其中柴玲便曾一度使用扩音器呼吁学生准备对抗「无耻的政府」[285]。但最后她和李录同意继续维持和平手段的做法，并且没收学生所持有的棍棒、石块和玻璃瓶等可能被视为武器的物品[285]。

凌晨约1时30分，第38集团军和空降兵第15军的队伍前沿分别到达天安门广场的南北两侧[286]。他们开始封锁天安门广场四周并且将里面的示威学生和前往支援的居民分隔开离，而在过程中也杀死数名示威群众[43]。同时第27集团军与第65集团军从天安门广场西侧的人民大会堂出现，而第24集团军也于东侧的中国国家博物馆开始部署[285][287]。在遭到军队包围之后，数千名仍然留在广场上的示威学生与群众则开始往广场中央的人民英雄纪念碑聚集[288]。凌晨2时后，部队开始尝试对人民英雄纪念碑旁的示威群众施加压力[289]；而学生广播则不断呼吁军队放弃使用武力，并且提到：「我们是和平请愿，是为了祖国的民主自由，为了中华民族的富强，请你们顺从人民的意愿，不要对和平请愿的学生采取武力……[286]」大约凌晨2时30分，几名工人则开始在人民英雄纪念碑架设其从装甲运兵车上拆解的机枪，并且发誓要向杀害许多示威群众的部队报仇[290]。之后在侯德健劝说下工人们选择放弃武器[290]，而刘晓波则在纪念碑的栏杆公开砸坏另外一枝没有子弹的步枪以重申非暴力运动的立场[290]。

群众撤离
之后，曾在木樨地看见军队枪杀民众的北京高校学生自治联合会常委邵江呼吁由知识分子带领示威学生与群众撤离广场，并且表示已经有太多人丧生。刘晓波原本表示不愿意撤离广场，但最后仍被说服，并且和周舵、高新和侯德健一同与学生领袖商讨撤离问题[286]，不过包括柴玲、李录和封从德等人在听到撤离意见后最初都拒绝撤离[286]。凌晨3时30分，在隶属于中国红十字会的两名医生建议下，侯德健和周舵同意先行尝试与士兵进行谈判[290][291]。他们随即乘坐救护车抵达天安门广场东北角并且与第38集团军336军团政治委员季新国会面[288]，季新国随即向戒严部队指挥总部转达请求并且获得同意为学生开辟往东南方安全撤离的通路[][288]。凌晨4点时天安门广场上的灯光突然熄灭，同时官方的扩音器宣布：「现在开始清场，同意同学们撤离广场的呼吁。[286][292]」不过此时学生们则是一同唱起《国际歌》[293]，并且认为军队准备执行最后一项清场任务[290]。

凌晨4点30分时，天安门广场重新开启照明并发射一连串的红色信号弹[250]。与此同时，部队开始从四面八方逼近纪念碑[153][294]，随后部队在聚集于人民英雄纪念碑的示威群众周围10公尺处重新部署[294]。而侯德健回来后先是尝试说服事先知情的学生领袖接受他与部队的协议，在大约4时32分侯德健透过学生的广播表示他先行和部队达成谈判[294]，然而许多第一次知道这次会谈的学生则气愤地指责他过于胆怯[294]。封从德之后则在广播中解释由于已经没有时间召开紧急会议，而将以口头表决的方式决定示威学生之后的集体行动。但尽管「坚守」的声音比起「撤离」还要来得更加响亮，封从德仍然表示「撤离」意见较为多数而决定带领群众撤离天安门广场[270]。不过大约在4时40分时，穿着迷彩服的士兵冲向人民英雄纪念碑并且破坏学生的广播设施[294][295]；而其他部队则殴打数十名在纪念碑旁的学生，并且扣押或者破坏他们的相机和录音设备[294]。随后士兵开始强制驱散在人民英雄纪念碑附近的群众，之后也有学生和教授尝试说服仍然坚持坐在纪念碑底层的学生离开[294]。

大约早晨5时10分学生们开始离开纪念碑，示威群众们手牵着手往广场东南角安排的通道撤离[153][270][296]，不过由于当时坐在广场北部的学生颇多，因此有相当一部分学生是从广场北侧离去[294][250]。而这时军方则要求那些拒绝离开天安门广场的学生必须加入撤离行列[295]，除了以对空开枪的方式要求剩下的群众撤出广场外[294][297]，并且还调动59式战车部队封锁前往广场的道路[298][299]。而据从北侧撤离的学生所说，军队在纪念碑北面架起机枪向学生扫射[250]。在确认所有示威群众都离开广场后，军方派遣军用直升机运送大型塑胶袋并且命令士兵开始清理广场[299]。北京医护人员对香港记者说，军队将广场的尸体装进塑胶袋，由军用直升机运走[250]。而6月4日早上6时，已经撤离天安门广场的学生队伍在沿着西长安街自行车车道上准备走回校园时，西单邮电局方向有3辆从天安门广场出发的坦克发射催泪弹并且冲撞人群，造成11名学生受伤[300][301][302]。 6月4日上午数千名先前撤离的示威群众、清场行动中伤亡者的父母以及被政府举动激怒的工人尝试从东长安街重新回到天安门广场[182]，但是当人群靠近部队时士兵则随即往群众处开枪射击作为警告[182][303]。然而由于有数人因而遭到部队枪击，之后暂时撤离该处的不满群众便又会尝试重新前往占领广场空地[182][304]。之后群众多次尝试进入天安门广场内，但是军队则持续负责管理广场并且持续两周都不向大众开放[305]。

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