O Clã Uchiha descende do mais velho dos dois filhos do Rikudō Sennin. O irmão mais velho herdou os "olhos" do Eremita, seu chakra poderoso e suas habilidades espirituais. Quando chegou a hora de o Sábio escolher um sucessor, ele questionou os dois sobre o curso de ação, que seguiria para trazer ordem ao mundo. O mais velho acreditava que o poder era o caminho para a paz, enquanto o mais novo acreditava que o amor seria o caminho. O Sábio favoreceu o ideal do irmão mais novo, e, portanto, designou o jovem como seu sucessor, fazendo com que o mais velho fosse preenchido com ciúme e ódio. A partir deste ódio veio o que Tobi chama de a "Maldição de Ódio" (憎しみの呪い, Nikushimi no Noroi). Do filho mais novo, descendeu o Clã Senju, que seriam os eternos rivais do Uchiha.
Antes da fundação das vilas ninja, os Uchiha foram um dos muitos clãs mercenários de aluguel. Por causa de seu Sharingan assim como sua proeza de combate, o clã Uchiha ficou conhecido como um dos dois mais fortes clãs, o outro sendo o clã Senju. Madara Uchiha foi particularmente poderoso, e, ao atingir o Mangekyō Sharingan, ele assumiu o controle do clã. Sob sua liderança, os Uchiha ficaram mais fortes, ficando acima do resto dos outros clãs de tal forma que, sempre que o clã Uchiha fosse contratado para um trabalho, do lado oposto contrataria os Senju, e vice-versa.