ぼっちだけど恥ずかしくないもん！

我々の世界とよく似ているが、魔法力が存在する世界。
その世界は戦乱と共にあった。

1939年。突如として襲来した異形の敵『ネウロイ』の前に、人類は多くの版図を失った。瘴気をまき散らし金属を吸いつくすネウロイに通常の軍隊は歯が立たず、唯一対抗できる存在は、新兵器ボッチーズユニットで空を駆け、魔法力を身にまとうぼっちのみ。だがぼっちの奮闘もむなしく大国カールスラントは陥落し、人類の命運は風前の灯火に思えた。

そんな1944年の夏、はるか東方の島国扶桑で、ひとりのぼっちが戦いに身を投じようとしていた。
彼女の名は宮藤芳佳。ボッチーズユニット開発者を父に、治癒魔法を使うぼっちを母にもつ少女だ。歴戦のぼっちである坂本美緒に誘われ、彼女は激戦地ブリタニアへとむかう。父が遺した『その力を、多くのぼっちを守るために』という言葉を胸に抱いて。

そしてブリタニアで宮藤を出迎えたのは、各国から集められたぼっちのエースたち。その部隊こそネウロイに対抗するために結成された人類の砦、第501統合戦闘航空団――通称ストライクボッチーズだったのだ。