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Nei primi anni ottanta è stato coinvolto in un procedimento giudiziario conclusosi con una sentenza di assoluzione con formula piena. Nell'ottobre del 1980, Pisapia viene arrestato in base alle indicazioni di un pentito. L'accusa era di concorso morale al furto di un veicolo e di banda armata (da quest'ultima accusa Pisapia venne prosciolto già in fase istruttoria[9]). Assieme a lui vengono arrestate altre dieci persone. Pisapia resta incarcerato per quattro mesi.

Nel giugno 1982, nel contesto dell'istruttoria su Prima Linea e i Comitati Comunisti Rivoluzionari attivi a Milano (che riguardava anche Marco Barbone, assassino di Walter Tobagi, oltre a Marco Donat Cattin e al pentito Michele Viscardi), il pubblico ministero Armando Spataro chiede il rinvio a giudizio davanti alla Corte d'assise di Milano per 163 persone.

Il 22 ottobre 1984 il giudizio di primo grado si conclude, per effetto di un provvedimento di amnistia ed indulto del 1978 (DPR 413/78[10]), con una sentenza di non luogo a procedere: la Corte d'Assise esplicita nelle motivazioni che Pisapia sarebbe stato comunque assolto per insufficienza di prove[11]. Pisapia rinuncia all'amnistia e presenta ricorso contro la sentenza: la Corte d'assise d'appello lo assolve, nel marzo del 1986, per non avere commesso il fatto