Помог данный вариант:
Заходите в C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\SteamVR\tools\lighthouse\firmware\lighthouse_tx\archive\htc_2.0
Нам нужны файлы:
lighthouse_tx_htc_2_0-calibration-rescue-244.bin
lighthouse_tx_htc_2_0-244-2016-03-12.bin
1. Подключаете микро USB к неработающей станции.
2. Зажимаете кнопку МОД, и подключаете кабель питания.
3. Отпускаете кнопку МОД, когда компьютер обнаружит USB устройство.
(в данной ситуации у меня он не открывался, якобы из-за ошибки драйвера, через устранение неполадок пофиксил)
4. Драйвер называется "CRP_DISABLED", и содержит один файл “firmware.bin”, удаляете его.
5. Вместо него копируете туда “lighthouse_tx_htc_2_0-calibration-rescue-244.bin”.
6. Когда копирование завершено, выдергивайте кабель питания и микро USB.
7. Подключаете кабель питания, только уже без зажатой кнопки мода.
8. И тут должна загореться зелёная лампочка.
9. Если загорелась красная лампочка, то проделываем те же монипуляции, только вместо файла восстановления, закидываем файл прошивки "lighthouse_tx_htc_2_0-244-2016-03-12.bin"
(ВАЖНО: При запросе на обновление базы, не обновляйте её, иначе все вернется как было)

Источник: https://www.reddit.com/r/Vive/comments/5t11ty/base_station_blinking_red_fixed/