Nic nie jest prawdziwe, wszystko jest dozwolone

Wątek Assassin`s Creed I:
Akcja gry toczy się podczas III wyprawy krzyżowej, w roku 1191. Gracz wciela się w rolę członka bractwa asasynów znanego jako Altaïr Ibn-La'Ahad, którego celem jest wyeliminowanie dziewięciu historycznych postaci propagujących wyprawy krzyżowe i odpowiedzialnych za cierpienia wielu ludzi. W grze mamy możliwość odwiedzenia pięciu historycznych miejsc: Jerozolimę, Damaszek, Akkę, Masjaf oraz Arsuf.

Wątek Assassin`s Creed II:
Ezio Auditore da Firenze, młody szlachcic z bogatej florenckiej rodziny. Podobnie jak Altaïr Ibn-La'Ahad - bohater z pierwszej części gry, jest on praprzodkiem Desmonda Milesa, współczesnego asasyna przetrzymywanego przez korporację Abstergo Industries. Na pierwszych oficjalnych szkicach przedstawiany był z dwoma ukrytymi ostrzami.

Ezio żyje w dostatku. Ma dwóch braci - starszego Federica i młodszego Petruccia, siostrę Claudię, matkę Marię oraz ojca Giovaniego. Sytuacja zmienia się diametralnie, kiedy jego ojciec zostaje niesłusznie oskarżony i wrzucony do więzienia, a później zamordowany razem z Fredericiem i Petrucciem w centrum Florencji poprzez powieszenie. Ezio zostaje tylko z matką i siostrą. Polują na niego wrogowie Giovanniego, których ten uważał za przyjaciół. Po odkryciu, że jego ojciec był Asasynem rozpoczyna planować zemstę na oprawcach jego tragedii. Z czasem odkrywa, że to nie jest błaha sprawa - zaangażowany w niego jest Zakon Templariuszy, do którego należą m.in jego wróg Vieri de Pazzi i jego ojciec oraz tajemniczy Hiszpan a sprawa dotyczy m.in zamachu na Lorenzo de' Medici i Jabłka Edenu.

Akcja rozgrywa się w latach 1476-1499, 295 lat po wydarzeniach przedstawionych w pierwszej części. W Assassin’s Creed II ponownie pojawiają się postaci historyczne, tym razem są to rodzina Pazzich, Leonardo da Vinci, Niccolò Machiavelli, Caterina Sforza, Lorenzo de' Medici, Girolamo Savonarola i Rodrigo Borgia. {C Lokacje, które odwiedza bohater, to Florencja, toskańska wieś, willa rodu Auditore w Monteriggioni, Wenecja, zamek Forli oraz Rzym (głównie Watykan). Wśród odwzorowanych lokacji znajdują się m.in. bazylika św. Marka w Wenecji, nieskończona jeszcze katedra Santa Maria del Fiore, kanał Grande, most Rialto oraz wenecki Pałac Dożów.

Wątek Assassin`s Creed II Brotherhood:
Gra rozpoczyna się zaraz po wydarzeniach z drugiej części serii. Ezio wraca do Monteriggioni, jednak odpoczynek nie trwa długo gdyż zaraz potem willa zostaje zaatakowana i zniszczona przez Cesare Borgię. Zmuszony do ucieczki, Ezio wybiera się do Rzymu, by stworzyć od podstaw zakon asasynów i z jego pomocą ostatecznie rozprawić się z templariuszami.